Через весь итоговый отчет исследователей красной нитью проходят две темы: образцы архитектуры и иероглифическая письменность майя. Что касается первого, то Стефенс и Казервуд задаются вопросами о возрасте зданий, об их строителях и, собственно, о предназначении этих архитектурных шедевров. В ходе экспедиции ученые пришли к выводу, что все сооружения не такие уж и древние, как считалось ранее. Тот факт, что все они присыпаны толщей пыли и земли, обросли деревьями, травой и кустарником, совершенно не указывает на их древнее происхождение. В условиях теплого и влажного тропического климата джунгли способны за короткое время поглотить любое заброшенное здание. «Если постройкам действительно несколько тысяч лет, то как могли сохраниться такие города, как Паленке и Ушмаль, в таком прекрасном состоянии? Невозможно даже представить, что по прошествии двух или трех тысяч лет, учитывая воздействие землетрясений, оползней и агрессивных тропических джунглей, могло уцелеть хотя бы одно-единственное здание». Иное дело, если города или даже разные части одного и того же города были построены в разное время. Обратившись к трудам и отчетам более ранних исследователей, которые своими глазами видели еще «живые» индейские селения, ученые приходят к выводу, что жизнь в этих краях угасала постепенно, деградируя в течение столетий. В чем же причина этой деградации? Вот один из главных вопросов для будущих поколений историков и археологов.
Знаменитый путешественник и его компаньон подняли еще один важный вопрос: сами ли майя построили свои города? И вообще, есть ли что-то общее между архитектурой майя и архитектурой заокеанских народов? Сравнения и параллели в работе исследователей проводились постоянно. Величественные строения Древней Греции, Древнего Рима и Древнего Востока, скульптурные и архитектурные шедевры Древней Индии и Древнего Китая — все подвергалось сравнительному анализу, и ничто не напоминало архитектуру городов, найденных в джунглях Юкатана и Гватемалы, даже отдаленно. А как насчет Древнего Египта? Некоторые исследователи до сих пор находят сравнение двух культур вполне уместным:
Главным камнем преткновения для наших споров являются пирамиды. Пирамидальная форма — одна из тех, что человеческий разум во все времена и у всех народов считал наиболее простым способом строительства высокого здания на прочном основании. Таким образом, подобный способ строительства у разных народов не может указывать на их родство, а тем более на потенциальные связи, если только такие пирамиды не несут в себе какие-то совершенно особенные, но похожие черты.