Управление самолетом двойное, осуществлялось штурвалами и педалями. Бомбардировщик имел приборное оборудование, обеспечивавшее полеты вслепую, включая автоматический радиокомпас SCR-296A (на поздних сериях – SCR-296G). Его рамочная антенна в каплевидном обтекателе устанавливалась над фюзеляжем (у модификаций А, В, С, D и G) или под ним (у типов J и Н). Машина оснащалась автопилотом: на ранних модификациях – гидравлическим Сперри А-3, на B-25J – электрическим Джек-Гейнтц А-ЗА, отличавшимся лучшим быстродействием и увязанным с гиростабилизированным бомбовым прицелом.
На самолете было две радиостанции. Основная, для связи с землей, находилась у стрелка-радиста. На В-25А и В-25В устанавливалась станция SCR-AL-183, на всех более поздних модификациях – SCR-274N. Вторая радиостанция, поменьше, стоявшая в пилотской кабине, служила для связи между самолетами в группе. Имелось также самолетное переговорное устройство.
Бронезащита (введенная с модификации В-25А) включала бронеспинки у пилотов (толщиной 9,6 мм, первоначально ставилась только командиру самолета) и плиты у бомбардира – вертикальную толщиной 9,6 мм и горизонтальную (на полу) толщиной 10,2 мм. Стрелков прикрывала сзади сплошная стальная перегородка в фюзеляже толщиной 9 мм. В ней имелась дверь для прохода в хвостовой отсек. На модификациях G и Н ставилась дополнительная наружная плита с левого борта под остеклением пилотской кабины, на типе J – такие же плиты по обеим бортам. На штурмовиках бронеспинка монтировалась и на кресле штурмана-заряжающего, устанавливалась броневая плита перед кабиной пилотов, защищалась укладка с 75-мм снарядами. На модификации J две дополнительных бронеплиты располагались перед приборной доской.
Стрелковое вооружение зависело от модификации самолета. На наиболее распространенных в первый период войны машинах ранних серий модификаций С и D устанавливался один 7,62-мм пулемет в «яблоке» у бомбардира (с запасом 600 патронов). При этом установочных гнезд имелось три, а сам пулемет мог быстро перебрасываться из одного в другое, что существенно расширяло поле обстрела. На самолете также монтировали верхнюю турель Бендикс А-5 и нижнюю выдвижную Бендикс А-4. В каждой из них находились по два 12,7-мм пулемета с боезапасом по 400 патронов на ствол. Вращение башен, подъем и опускание стволов осуществлялись электроприводом. Нижняя турель выдвигалась и убиралась вручную. Позднее внедрили усовершенствованные турели типов А-9 (верхнюю) и А-10 (нижнюю), внешне не отличавшиеся от старых. На поздних сериях бомбардировщиков дополнительно устанавливался неподвижный 12,7-мм пулемет с ящиком на 300 патронов в передней кабине, а 7,62-мм пулемет в шаровом гнезде заменили на крупнокалиберный (с запасом в 300 патронов). При этом подвижной пулемет при необходимости мог фиксироваться, и стрельбу из него вел пилот.