Крыло Ju 52/3m трапециевидное в плане, имело толстый двояковыпуклый аэродинамический профиль. Положение относительно фюзеляжа – нижнее. Крыло состояло из трех частей: центроплана, выполненного интегрально с фюзеляжем, и двух консолей. Основой крыла являлись четыре лонжерона (три основных и вспомогательный задний). Полки лонжеронов изготавливались из стальных труб, из них же были сделаны соединительные подкосы. Нервюры ферменной конструкции. Все крыло зашивалось гофрированным дюралем. На задней кромке подвешивались закрылки, наружные секции которых работали как элероны.
Оперение нормальной схемы. Стабилизатор – многолонжеронный, усиленный снизу подкосами, имел устройство для изменения угла установки. Рули высоты с роговой компенсацией. Киль изготавливался зацело с фюзеляжем. Руль направления со штампованным каркасом и дюралевой обшивкой.
Шасси неубирающееся, с хвостовой опорой. Основные стойки консольного типа; каждая состоит из полуоси с колесом, подкоса и амортизационной стойки. Шасси крепится к центроплану через шаровые шарниры. Основные колеса размером 1300x300 мм оснащены пневматическими тормозами колодочного типа. На модификациях «hЗе» и «h4е» монтировались каплевидные обтекатели колес, в эксплуатации часто снимавшиеся. Все военные модификации Ju 52/3m (кроме ранних серий Ju 52/3mg3e) комплектовались ориентирующимся хвостовым колесом размером 500x150 мм, с гидравлическим тормозом. Последний управлялся рычагом-насосом прямого действия. Основные и хвостовая стойки имели масляно-пневматические амортизаторы. Альтернативно самолет оснащался лыжным или поплавковым шасси.
Мотоустановка «юнкерса» состояла из трех двигателей BMW 132,9-цилиндровых, звездообразных, воздушного охлаждения. Они вращали двухлопастные винты изменяемого шага JuPAK. Центральный мотор закрывался узким кольцевым капотом, боковые- капотами типа NACA. Двигатели монтировались на ферменных рамах из стальных труб, снабженных башмаками- демпферами. Боковые моторы устанавливались под набольшим углом к продольной оси самолета. Выхлоп осуществлялся через коллекторы.
В каждом крыле располагалось по три бензобака емкостью 175 л каждый и один емкостью 135 л. Дополнительный бак на 50 л ставился в фюзеляже. При этом максимальная заправка равнялась 1370 л. Возможна была установка дополнительных баков в крыле (по одному с каждой стороны на 135 л) и в фюзеляже с доведением общего объема до 2480 л. Все баки сварные алюминиевые, с наружным протектором. Питание горючим обеспечивали три насоса IVMO на моторах и аварийная ручная помпа (в кабине экипажа).