В тылу также нарастало сопротивление белой власти. Эсеры, ранее игравшие в правительстве важную роль, после переворота объявили Колчака и Белое движение как таковое врагом хуже Ленина, прекратили борьбу с большевиками и стали действовать против власти, организовывая забастовки, мятежи, акции террора и саботажа. Поскольку в армии и госаппарате колчаковского и прочих белых правительств было множество социалистов (меньшевиков и эсеров) и их сторонников, а сами они были популярны среди населения России, прежде всего у крестьянства, то деятельность эсеров сыграла важную, во многом определяющую роль в поражении Белого движения в Сибири. Впрочем, в качестве помощников и красные, и белые, да и все прочие иногда могли привлекать самых неожиданных персонажей. Например, в воспоминаниях большевика А.П. Кучкина упоминается и такой ход, как, например, использование белыми беспризорников в качестве разведчиков: «Особенно часто белая контрразведка использовала бродячих, голодных и беспризорных детей. Она преподавала им правила разведывательной службы, платила им жалованье, поила самогоном, снабжала табаком, который в то время представлял огромную ценность, так как его достать было очень трудно.
Десятками эти дети бродили вдоль линии железной дороги и по прилегающим селам на территории красных. Многие из них добровольно являлись к нам и говорили, кто они и для чего посланы. Некоторые из них давали точные сведения о расположении противника, а иногда раскрывали его замыслы, подслушав их в среде пьяных офицеров. Часть таких подростков оставалась служить у нас, многие принимали участие в боях против белых»[34] (кстати, позднее это послужило сюжетом для прекрасных детских приключенческих книг А.Е. Власова и А.М. Млодика «Армия Трясогузки» и «Армия Трясогузки снова в бою»).
После завершения Уфимской операции войска Колчака на всём фронте продолжали отступление. Председатель Реввоенсовета республики Троцкий и главком И.И. Вацетис предложили остановить наступление армий Восточного фронта и перейти к обороне на достигнутом рубеже. Центральный Комитет партии решительно отклонил это предложение. И.И. Вацетис был освобожден от занимаемой должности, на пост главкома назначен С.С. Каменев, и наступление на востоке было продолжено, несмотря на резкое усложнение обстановки на юге России. К августу 1919 года красные захватили Екатеринбург и Челябинск.
В сентябре-октябре 1919 года между реками Тобол и Ишим произошло решающее сражение между белыми и красными. Как и на других фронтах, белые, уступая противнику в силах и средствах, потерпели поражение. После чего фронт рухнул и остатки армии Колчака начали отходить в глубь Сибири. В ходе этого отступления колчаковскими войсками был совершен Великий сибирский ледяной поход, в результате которого колчаковские войска отступили из Западной Сибири в Восточную, преодолев тем самым более 2000 километров, и избежали окружения.