Предполагают, что в императорской армии каждая когорта получила отдельного начальника. Первыми шестью когортами командовали трибуны, а остальными четырьмя — препозиты. Из числа шести легионных трибунов пять были всаднического ранга (т.н. tribuni angusticlavii), а один — сенаторского (tribunus laticlavius), за исключением Египта, в который запрещалось въезжать сенаторам, и в силу этого в стоявшем в Египте легионе все шесть трибунов были всаднического ранга. Из числа всадников набирались и префекты когорт и ал вспомогательных войск. В период от Веспасиана до Траяна сложилась система всаднической военной карьеры (т.н. система tres militiae). Римские всадники последовательно занимали ряд постов (каждый от 2 до 4 лет), первым из которых был пост префекта пятисотенной когорты вспомогательных войск (их было ок. 150), затем пост tribunus angusticlavius (также ок. 150) или префекта тысячной когорты (ок. 30) и, наконец, пост префекта алы (ок. 70). В исключительных случаях за ним следовал пост префекта тысячной алы (ок. 30). Пост трибуна-латиклава занимали сыновья сенаторов, начинавшие свою карьеру, на время от б месяцев до 2 — 3 лет. В редких случаях сенаторский сын получал два трибуната, и нам известны всего лишь два примера, когда кто-либо был трибуном-латиклавом трижды (один из этих случаев — император Адриан).
Легионом в целом командовал, вновь за исключением Египта, где это делал префект всаднического ранга, легат легиона (legatus legionis), сенатор, ранее занимавший должность претора, вторую сверху в ряду традиционных римских магистратур. Должность эта занималась в течение 2—3 лет. Мы можем видеть из системы назначения легатов и трибунов, что профессионализация высшего командного состава не была достигнута и при Империи — трибуны были еще слишком неопытны, а сенаторская карьера была связана далеко не только с военными достижениями. На основании источников можно полагать, впрочем, что командирами легионов и наместниками провинций, в которых ожидались значительные боевые действия, назначались опытные военные, неопытным же могли помогать профессиональные военные — центурионы, и в целом система была достаточно эффективна и обладала тем преимуществом, что важнейшие военные решения принимали люди, находившиеся в курсе высшей политики.
Помимо этого, система комплектации армии и командного состава выполняла важную функцию поддержания социальной стабильности, напрямую связывая роль каждого социального слоя в армии с его ролью в социальной структуре Римской империи в целом.