История о потопе непосредственно сталкивается с законами физики. Если допустить, что традиционная вера в прибытие ковчега к вершине горы Арарат обоснованна, то воды, покрывавшие Землю, должны были подняться на высоту примерно 5000 метров над уровнем моря. Но даже если растопить весь лед обоих полюсов, уровень моря поднимется всего лишь на 100 метров; добавьте сюда все остальные источники льда, особенно пресноводные ледники всего мира, и, возможно, удастся дотянуть до 300 метров Так что стороннику идеи потопа сложно будет объяснить, откуда взялась вся эта вода, и не менее сложно, куда потом она делась. Некоторые приверженцы потопа в XIX веке, пытаясь объяснить куда ушла вода, приводили теорию колец Исаака Ньютона Вейла (см. след, стр.): мол, легенды о потопе отражали падение ледяных колец Земли на ее поверхность. Но все равно оставался щекотливый вопрос: куда же потом вся эта масса делась? Может быть, вода ушла во внутреннюю полость Земли?
Были нестыковки и с зоологией. Принцип «каждой твари по паре» на самом деле не спас бы животных от вымирания. Несмотря на популярную теорию о том, что к вымиранию видов приводит смерть одного из членов последней пары одной породы (эту концепцию главным образом породил Голливуд), в реальной жизни виды в дикой природе оказываются под угрозой вымирания, когда их численность падает ниже обычного уровня составляющего многие сотни, а то и тысячи, особей. Даже если допустить, что семье Ноя, желавшей сохранить виды животные удалось построить и содержать в течение многих дней зверинец с этим зверинцем была бы одна морока.
Перед современными креационистами стоит задача объяснить, почему при обнаружении палеонтологических находок более ранние ископаемые останки находят в нижнем слое горных пород, а более поздние — в верхних слоях. Трудно увязать эти факты с верой в то, что все останки сформировались одновременно и за короткий период, то есть во время потопа. Чтобы обойти это щекотливое место, креационисты обычно вводят понятие различной плавучести животных: те существа, которые кажутся самыми первобытными, обладали меньшей плавучестью и первыми утонули, а более развитые формы жизни плавали дольше. Но это означало бы, что все формы морской жизни, наподобие морских растений, живущих на дне, должны были находиться в самых нижних слоях. Увы…
И последняя проблема, связанная с потопом, заключается в том, что в археологических находках нет свидетельств такой глобальной катастрофы. Если бы какая-то катастрофа сократила население мира до горсточки людей, уничтожив при этом большинство культурных артефактов, то потребовалось бы какое-то время (по самым скромным подсчетам, века), чтобы цивилизация возродилась, а возродившиеся цивилизации кардинально отличались бы от прежних, поскольку никогда не воссоздается в точности то, что было раньше. К тому же в этом случае была бы, по большому счету, лишь одна цивилизация, контрастирующая с предшествующим ей разнообразием, потому что в то время исключительную ответственность за все несла семья Ноя. Археологические данные указывают на то, что все прежние человеческие цивилизации продолжали стабильно существовать, и ничто не указывает на даже относительно небольшую катастрофу.