В качестве еще одного антиэволюционного доказательства он предположил, на основе препарирования гориллы, что у приматов нет такой важной структуры мозга, который есть у людей, — малого гиппокампуса. Кроме того, приматы были явно четвероногими животными, в отличие от двуногих людей. Убежденный эволюционист Т.Г. Гекели, или Хаксли (1825–1895), с подозрением отнесся к заявлениям Оуэна и препарировал некоторых приматов сам. Он победоносно заявил, что на самом деле в мозге приматов есть малый гиппокамп; более того, его анатомические исследования показали, что Оуэн ошибался также в отношении четвероногости приматов: их передние конечности оканчивались кистями рук, а не ступнями, как утверждал Оуэн.
Среди прочих достаточно рано изживших гипотез Оуэна было утверждение, что голова — это всего лишь продолжение хребта, то есть череп — это измененный позвоночник. Но по-прежнему некоторым неприятна сама мысль, что наши предки могли быть пресмыкающимися (то, что мы «произошли от обезьяны», всего лишь упрощение, которое приводит к недоразумениям). Возможно, стоит с оптимизмом отнестись к замечанию Дж. М. Тайлера: «Даже если мы произошли от червей, то были славные черви!»
В дискуссиях об эволюции несколько смущало утверждение, что онтогенез подтверждает филогенез. Предположение о том, что изменение формы развивающегося эмбриона может отражать историю эволюции видов, восходит непосредственно к биогенетическому закону, сформулированному в XIX веке немецким естествоиспытателем Эрнстом Генрихом Геккелем (1834–1919), и во многом обосновано. В конце концов на ранних стадиях человеческий плод имеет структуры, которые называются «жаберными щелями» и могут быть отголоском наших давних морских предков; а схожесть всех высокоразвитых эмбрионов на ранних стадиях может, вероятно, отражать тот факт, что все позвоночные имеют общего или близкородственных предков. На протяжении второй половины XIX века и большой части XX века доктрина Геккеля о том, что «онтогенез повторяет филогенез» если не преобладала над остальными, то, во всяком случае, была достаточно авторитетна. Некоторые из заявлений Геккеля были чересчур восторженными: увидев жаберные щели, он счел, что эмбрион полностью проходил в развитии фазу рыбы. Частично свою концепцию он построил на идеях Карла фон Бэра, эстонского основателя сравнительной эмбриологии. Именно фон Бэр провел скрупулезную работу по сходству между ранними эмбрионами высших позвоночных, но фон Бэр упрямо отказывался принять дарвиновскую теорию эволюции. С точки зрения Геккеля, онтогенез был замечательным доказательством правильности дарвинизма