Послание свое митрополит заключает такими словами: «А князь великий приказал с тобою того дела обыскивати наместником Якову да Юрыо Захариичем. И ты бы с ними того дела обыскивал вместе и которые дойдут по правилом твоей святительств духовные казни и ты их духовне казни, а которые дойдут градские казни, ино тех наместники великого князя казнят градскою казнью. Да обыскивал бы еси, сыну, то дело прилежно, чтобы христианство в взмущеньи не было, а церковь бы Божия безмятежна была».
Из этого не видно, чтобы Геронтий стоял за ересь. Но его, строгого ревнителя буквы закона, никто и не обвиняет в сочувствии к ереси, а только в слабости. Ему следовало с большей горячностью ополчиться на ересь и не снимать опалы с еретика Гриди Клоча. По крайней мере, так думал современник его Иосиф: «И сам (Геронтий) убо христианская мудроствуя, о прочих же ни мало попечеся, погибающим, о увы мне, христовем овцам еретическим учением, или грубостию с держимь, или нерадяше о сих, или бояшеся державнаго». Последняя причина, что Геронтий боялся державного всего возможнее. Еретиков обратно послали к Геннадию в Новгород.
Из заключительных слов Послания Геронтиева к Геннадию мы видели, что этому последнему было приказано разыскивать ересь вместе с наместниками великого князя двумя братьями Яковом и Юрием Захарьевичами Кошкиными.
О ревности Геннадия в преследовании еретиков свидетельствует тот же Иосиф, говоря, что Геннадий из чащи божественных писаний устремился как лев, чтобы ногтями растерзать внутренности скверных еретиков, напившихся жидовского яда. Дело о первых еретиках окончилось зимою 1488 года. Год этот был несчастлив для Новгорода и Москвы. В Новгороде наместник Яков Захарьевич Кошкин совершал лютые казни (сек и вешал новгородцев) «понеже хотели убити наместника», и в эту же зиму более 7000 новгородцев были уведены из Новгорода в Москву. В Москве, под самый светлый праздник, прошел слух о предстоящем пожаре: в сенях великокняжеского дворца чернец из Галича прокричал ужасное пророчество. Страх распространился по городу, и купцы уже выносили товар из лавок. Но лето подходило к концу, пророчество все еще не сбывалось, как вдруг 13 августа загорелась деревянная церковь Благовещения на болоте и пламя истребило все богатые домы, двор и городовую стену, и мосты, и множество зданий городских, и до 30 церквей. Сгорел и дом митрополита Геронтия и только что отстроенный дворец великого князя. Слабый духом Геронтий не вынес потрясения: к следующей весне 1489 года его не стало.
В это время главные еретики находились в Москве. Еще за девять лет до этого поп Алексей и поп Денис привезены были самим великим князем из Новгорода в Москву и определены им в протопопы, первый к Благовещенью, второй — к Архангелу. Тогда Геннадий был в Москве. Он, как видно, в продолжении пяти лет, до самого отъезда в Новгород, ничего не знал о существовании ереси.