С вероисповеданием Схарии тоже не все ясно, но большинство исследователей связывают его с иудейской сектой караимов. Секта возникла в начале VIII века в Багдаде и впоследствии распространилась по разным странам. В отличие от ортодоксальных евреев, караимы признают только Тору, то есть Письменный закон, полученный Моисеем на горе Синай, и не признают Устный закон, или Талмуд. Караимы обращались к Торе без посредников-раввинов и считали себя вправе толковать ее свободно, в согласии с собственным разумом. «Хорошенько вникай в Писание и не полагайся на мое мнение» — так учил своих последователей основоположник караимства Аннан Бен Давид. Отсюда присущая караимам склонность к размышлению, философскому восприятию мира, страсть к наукам и самостоятельный образ мыслей. Задача человека — самому дойти до истины, а не слепо следовать тому, чему его учат. Именно поэтому караимы отвергают Талмуд.
В Литву и Южную Русь караимы пришли из Крыма. Поскольку они считались доблестными воинами, литовские власти расселили караимов в пограничных крепостях, наделив более широкими правами, чем иудеев-раввинистов. Караимские общины существовали в Тракае, Троках, как иногда говорили (кстати, здесь община существует и поныне), Киеве, Гродно, Луцке, Смоленске, Житомире и ряде других городов Великого княжества Литовского, помогая литовским князьям бороться с немцами, крымскими татарами и оттоманскими турками. Караимов даже нанимали в личную охрану Великого князя Литовского, они оберегали его замок, построенный среди Тракайских озер. Пренебрегая традиционными для литовских и польских евреев занятиями ростовщичеством и шинкарством, караимы преуспели в крупной международной торговле, занимались земледелием и брали на откуп сбор налогов.
Что же сподвигло Захарию Скару пуститься в дальний путь из Киева в Новгород? Вероятно, прежде всего — торговый интерес, на что прямо указывает летопись: «А с ним жидове торгом». Известны имена помощников Скары по торговой части — Шмойло Скаравей и Моисей Хануш. Новгород считался одним из крупнейших международных рынков Европы, а потому легко предположить, что купцы-караимы решили воспользоваться оказией и, заручившись поддержкой князя Михаила Олельковича, попытаться закрепиться на этом рынке, возродив старинный путь «из варяг в греки». В качестве первого шага следовало подготовить почву для будущей караимской общины, подобной уже существовавшим в Литве, Польше и в Крыму. Задача облегчалась тем, что Новгород всегда славился своей открытостью для иноземцев и веротерпимостью. С давних пор здесь существовали иноземные дворы, и если немцам и готландцам власти разрешают строить «варяжские божницы», то почему караимам нельзя заиметь здесь свою синагогу-кенассу?