Снова встал вопрос о новгородском владыке, и теперь, отбросив игры в демократию, московский государь самолично поставил на новгородскую кафедру того самого Геннадия Гонзова, который поддержал его в достопамятном споре с митрополитом Геронтием. В формуле присяги, произнесенной Геннадием, впервые появилось выражение: «по велению господина нашего великого князя всея Руси».
Иван Васильевич надеялся, что Геннадий Гонзов станет противовесом строптивому Геронтию, а в перспективе — его преемником. Таким образом, новый архиепископ сразу попал в двусмысленное положение. Он ехал как ставленник Москвы во враждебный город, но при этом был неугоден московскому митрополиту, то есть своему непосредственному начальнику. К тому же Гонзов был первым архиепископом, назначенным светской властью, и как ходили слухи, назначенным «по мзде». Называлась даже уплаченная им великому князю сумма — 2 тысячи рублей.
12 декабря 1484 года Геннадий был хиротонисан во епископа Новгородского и Псковского с возведением в сан архиепископа. Приехав в Новгород, Гонзов обнаружил, что некогда богатейшая епархия находится в жутком состоянии. Многолетнее безвластие, огромные конфискации земель и казны, насильственные выселения самых состоятельных прихожан лишили Софийский дом львиной доли доходов. Среди духовенства царило уныние. Лишенная пастыря паства пребывала в состоянии разброда и шатания.
Однако плачевное состояние епархии не смутило нового владыку. Геннадий Гонзов обладал сильным характером и цепким практическим умом. Он происходил из боярской семьи, но светской жизни предпочел иноческую. Еще отроком он оказался на знаменитом острове Валаам, где его духовным наставником стал один из основателей Соловецкого монастыря старец Савватий. Суровая жизнь на Валааме под водительством строгого учителя закалила Геннадия, а затем, уже сделавшись игуменом почти придворного Чудова монастыря, он научился политичному общению с властями.
С первых же дней новый владыка начал твердой рукой наводить порядок в епархии, опираясь на поддержку великого князя в лице его новгородских наместников. Но в отличие от своего предшественника Геннадий действовал с осторожной твердостью, учитывая, по возможности, местные традиции и стараясь не оскорблять чувства новгородцев. Введя в богослужение молитвы за великого князя, он соблюдал древние новгородские обычаи и по примеру республиканских владык взял на себя постройку третьей части возобновляемой городской стены.
Помимо прочих неурядиц, Геннадий обнаружил в своей епархии различные толки. Верующие спорили, следует ли на всенощной петь: «Аллилуйя, аллилуйя, аллилуйя, слава тебе Боже!» или «Аллилуйя, аллилуйя, слава тебе Боже!» Принимавшие первый способ «трегубили» аллилуйю, а принимавшие второй — «сугубили». Сугубившие опирались на то, будто аллилуйя в переводе значит «Слава тебе Боже», хотя на самом деле аллилуйя означает: