Страсти накалялись, но тут произошло событие, затмившее интригу вокруг выборов митрополита. Внезапно заболел наследник престола соправитель великого князя Иван Молодой. Застудившись на охоте, стал прихрамывать, жаловался на боли в суставах ног. Судя по симптомам, это была подагра (в переводе с греческого подагра означает — нога в капкане), или «камчуга», как ее называли на Руси.
В то время, когда наследник мучался от жестоких болей, в Москву вместе с новой партией иностранных специалистов приехал из Венеции молодой врач мистро Леон Жидовин. Представленный великому князю и его семейству врач сразу обратил внимание на хромоту Ивана Молодого. «Я вылечу твоего сына, — самоуверенно заявил он великому князю, — а если не вылечу, вели казнить меня смертной казнью». Леон начал лечить наследника прикладыванием стеклянных сосудов, наполненных горячей водой, и давая ему пить какой-то травяной отвар. Но больному становилось все хуже, и 15 марта 1490 года тридцатидвухлетний Иван Иванович скончался, сделав вдовой молодую жену Елену и сиротой малолетнего сына Дмитрия.
Разгневанный великий князь повелел казнить врача. Как и в истории с немцем Антоном, московские иностранцы пытались добиться его помилования, но тщетно — государь был неумолим. Через сорок дней после смерти наследника на Болвановке состоялась казнь. Впавшего в прострацию врача под руки втащили на помост, и палач в красной рубахе под одобрительный гул толпы отрубил ему голову топором.
Наследник был популярен в народе, особенно после «стояния на Угре», когда он вопреки приказу отца отказался покинуть войско и отбил нападение ордынцев. Он проявил себя смелым воином, участвовал во многих походах и успел набраться государственного опыта. Разделяя политику отца, он отличался от него по характеру, был прямодушен и имел свои представления о чести и достоинстве. Ранняя смерть Ивана Молодого способствовала идеализации его образа в народном сознании. Народ сочинил известную сказку об Иване-царевиче и Елене Прекрасной. Есть в этой сказке и деспотичный царь-отец, который не пускал сына биться с неприятелем и коварная царица-мачеха, опоившая пасынка ядом.
Слухи о том, что Ивана Молодого отравили по наущению Софьи Палеолог, широко ходили по Москве. «Грекиня! Ее рук дело!» — шептались москвичи. Версия отравления впоследствии обросла догадками и всякого рода спекуляциями, в том числе антисемитского толка. (В каком-то смысле эта история стала прелюдией печально знаменитого «дела врачей».) Некогда иудеи предали смерти Сына Божия, и вот теперь врач-иудей погубил государева сына. Это ли не явный знак свыше? И не есть ли это Божья кара правителю, который попускает еретикам «жидовствующим»?