Циничная история с «выборами» митрополита дает представление не только о московских нравах того времени, но и определенным образом характеризует самих «жидовствующих». Сблизившиеся в умственных и религиозных исканиях еретики теперь объединяются во имя сугубо властных целей и начинают всюду расставлять своих людей. Возведение их ставленника в сан московского митрополита открывало перед еретиками огромные возможности воздействия на всю Русскую православную церковь.
Новый митрополит сразу дал понять, чью сторону он держит в конфликте церковных ортодоксов с «жидовствующими». На свое поставление Зосима не пригласил второго по статусу русского иерарха, каковым являлся новгородский архиепископ Геннадий Гонзов. Более того, он потребовал у Геннадия вторичного исповедания веры, что на церковном языке означало нечто вроде «служебного несоответствия» и явилось очередным жестоким унижением для новгородского архиепископа.
Так же спешно, очевидно, по прямому указанию великого князя, Зосима начал подготовку к секуляризации монастырских земель. Его рукописи пестрят пометками: «не подобает в монастырь давать село», «не стоит печься об имениях», «подобает инокам жить от своего рукоделия», в которых слышатся отзвуки будущей громкой полемики «иосифлян» и «нестяжателей». Одновременно еретики начинают готовить массированное наступление на весь институт монашества, используя аргументы, заранее подготовленные Иваном Черным.
Активность еретической партии вызывала у церковных иерархов растущую тревогу, и они попытались взять реванш за поражение на выборах митрополита. Инициативу вновь взял на себя архиепископ Геннадий. И хотя ему уже не раз дали ясно понять, что его борьба с ересью не нравится новому митрополиту и самому «державному», Гонзов переходит в открытую оппозицию высшей церковной и светской власти.
«Если великий князь того не обыщет и не казнит этих людей, — писал он в письме Зосиме, — то как нам тогда свести срам с земли своей!» Не убоялся Геннадий обличить и самого великого князя. Он обвинил его в «гробокопательстве». Во время развернувшего в Кремле бурного строительства было снесено несколько ветхих церквей. Кости мертвых свезли на Дорогомиловское кладбище, а на месте захоронений разбили дворцовый сад. Возмущенный Геннадий назвал эти действия властей «бедою земской» и «нечестью государской». «Кости мертвых вынесены, а тела остались на прежнем месте, рассыпавшись в прах, и на них сад посажен; а Моисей во Второзаконии не велел садить садов и деревьев возле требника Господа. Гробокопателям какова казнь писана: а ведь это оттого, что будет воскресенье мертвых, не велено мертвых с места двигать опричь тех святых. Коих Бог чудесами прославил. Где столько лет стояли Божьи церкви, где стоят престол и жертвенник — эти места неогороженны: собаки ходят по ним и всякий скот!»