И вдруг во взглядах на царскую власть Иосифа Волоцкого, а вслед за ним и всего высшего духовенства, происходит радикальная перемена. Из первого среди равных светский государь превращается в сакральное существо высшего порядка. «Царь естеством своим подобен всем человекам, властью же подобен высшему Богу» — во всеуслышание заявил волоцкий игумен. С этого момента начинается обожествление русского самодержавия, имевшее далеко идущие последствия для церкви, для власти и для России в целом. Парадоксально, но факт: тот самый тезис о неподотчетности государя своим подданным, который выдвинули еретики, теперь прозвучал от имени ортодоксальной церкви. Такова была цена, которую церковь заплатила светской власти за головы «жидовствующих».
В декабре 1504 года в Москве открылся Собор, целиком посвященный ереси. Большинство обвиняемых к этому времени были уже схвачены и ждали своей участи в застенках. Все они признали свою вину и покаялись в надежде на снисхождение.
Тяжело больной великий князь на Соборе только молчаливо присутствовал, от его лица фактически руководил судебным процессом наследник Василий. Главным обличителем ереси выступил Иосиф Волоцкий, который обрушил на понурые головы еретиков всю свою обличительную мощь, заклеймил отступников и потребовал для них смертной казни, невзирая на их вынужденное раскаяние. Ссылаясь на библейские примеры, грозный игумен доказывал, что против еретиков все средства хороши, включая хитрость и коварство. Только прижиганием огнем можно обезвредить язву, которая способна поразить все тело церкви.
Не все соборяне были согласны с Волоцким. Князь-инок Вассиан Косой от лица старцев Кирилло-Белозерского монастыря обратился к нему с Посланием, в котором упрекал Иосифа в том, что он руководствуется примерами Ветхого Завета, забыв о христианском милосердии. Фактически Вассиан обвинил самого Иосифа в «жидовствовании»: «Господь не велел осуждать брату брата, а одному Богу надлежит судить человеческие согрешения. Господь сказал: не судите и не судимы будете, и когда к нему привели жену, виновную в прелюбодеянии, тогда премилостивый судья сказал: кто не имеет греха, пусть первым бросит в нее камень. Если ты, Иосиф, повелеваешь брату убивать согрешившего брата, то, значит, ты держишься субботства и Ветхого Завета. Ты говоришь: апостол Петр Симона-волхва поразил молитвой, сотвори же сам, господин Иосиф, молитву, чтобы земля пожрала недостойных еретиков или грешников!» «Ты говоришь, что катанский епископ Лев связал епитрахилью Лиодора и сжег при греческом царе, — язвительно продолжал Вассиан. — . Зачем же, господин Иосиф, не испытаешь своей святости? Свяжи архимандрита Кассиана своею мантией, чтобы он сгорел, а мы тебя извлечем из пламени, как единого из трех отроков!»