М. И. Афонин, читавший в университете, кроме агрономии, также и «натуральную историю», то-есть минералогию, ботанику и зоологию, подводил под свой курс «Сельскохозяйственное домоводство» широкую естественнонаучную базу. В 1771 году Афонин на публичном торжественном собрании Московского университета произнес свое «Слово о пользе, знании, собирании и расположении чернозему, особливо в хлебопашестве». В этом «Слове» ученый развивал идею Ломоносова о том, что важнейшая почва России — чернозем — не является горной породой, что «чернозем не первообразная и не первозданная материя, но произошел от согнития животных и растущих тел со временем».
Этот правильный взгляд на образование почвы был прогрессивным для своего времени, он ломал реакционные теории. Английский ученый И. Вудворд в своем сочинении «Физическое описание земли», вышедшем в свет в 1746 году, писал, что черная почва на поверхности земли была создана богом. До потопа эта «черная» земля была «много плодороднее, чем теперь». Никакого земледелия тогда не было, так как земля сама собой плодоносила. Во время всемирного потопа «за грехи человека бог перемешал все земли и сделал землю менее плодородной». Передовые русские и иностранные ученые XVIII столетия отбрасывали библейские легенды об образовании почвы во время «потопа» и в противовес им обосновывали естественнонаучные взгляды на процессы создания и развития почвы.
Афонин делит черноземные почвы на восемь групп, говорит об их плодородии, намечает правила «поправления» почв. В то время многие профессора университета читали лекции на немецком языке или по-латыни. Лекции по сельскому хозяйству Афонин читал на русском языке, и поэтому они были широко известны в Москве.
Мы видим, что в Москве прочно складывается центр русской агрономической науки. Организованное в 1818–1820 годах Московское общество сельского хозяйства могло проводить свою работу, опираясь на достижения русской научной агрономии и сельскохозяйственной практики.
Подавляющее большинство русских помещиков — ярых крепостников — смертельно боялось всего нового и передового. Они крепко держались старинки и сопротивлялись использованию науки в сельском хозяйстве. Представители реакционных помещичьих кругов печатали много статей об особых «преимуществах» деревянной русской сохи по сравнению с любыми другими орудиями обработки почвы, о том, что в России почвенные и климатические условия будто бы «более всего соответствуют» трехполью, а плодосмены и другие севообороты являются для русского сельского хозяйства ненужной и даже вредной выдумкой.