Постепенно личные отношения между двумя создателями научного почвоведения начинают улучшаться, хотя споры по отдельным принципиальным вопросам попрежнему вспыхивают. Но со временем, особенно после 1890 года, резче выступает единство воззрений Докучаева и Костычева, а не расхождения между ними. Докучаев проявляет громадный интерес к биологии и микробиологии почвы, к исследованиям структуры черноземов — вопросам, поднятым его оппонентом. Костычев — и на деле и на словах — отдает должное докучаевской идее о почве как самостоятельном теле природы, начинает изучать отдельные почвенные типы России в связи со всей природной обстановкой, породившей их. Замечательным примером в этом отношении является очерк Костычева о почвенных типах России, подготовленный для международной выставки в Чикаго.
Местности, в которых встречаются: 1 — чернозем; 2 — известковые почвы; 3 — пески; 4 — серые лесные земли; 5 — разбросанные отдельными клочками солончаки.
Этот очерк освещал почвенные типы, их распространение, происхождение в связи с другими природными явлениями: климатом, растительностью, рельефом, геологическим строением. Каждый тип почв характеризовался с точки зрения его физических, химических и биологических свойств. Здесь ученый, как бы подводя итоги своих многолетних личных исследований и своих научных диспутов с Докучаевым, сумел удивительно полно и органично слить два направления в русском почвоведении — докучаевское и костычевское. Наиболее тщательно Костычев описал черноземы и серые лесные земли, распространенные в лесостепи, он коснулся также солончаков, известковых почв, сыпучих песков, виноградных почв Крыма и Кавказа.
Особенно новым и интересным явилось подробное рассмотрение почв северной полосы России. Здесь встречалось мною различных почв, но (преобладали болотные и подзолистые. Костычев установил, что подзолы образуются в результате промывания почвы растворами, содержащими кислые органические вещества. Они мало-помалу растворяют все составные части почвы, кроме кварцевого песка, который постепенно накапливается в ее верхней части. Бесплодный кварцевый песок придает подзолистой почве ее характерный белесый цвет. Почвы эти, нередко малоплодородные в их естественном состоянии, во многих местах России называли «луда». Костычев приводил понравившуюся ему народную пословицу: «Где луда — там и нужда» — и говорил, что она «совершенно соответствует действительности». Но одновременно он отмечал, что наука уже разработала надежные методы улучшения этих почв. Он утверждал, что с помощью посевов клевера, внесения навоза, фосфорных и калийных удобрений, а особенно известкования подзолистые почвы «можно довести до высшей степени плодородия».