Но еще больше любили студенты практические занятия по почвоведению. Лаборатория Костычева всегда была доотказа переполнена желающими здесь работать. И это при том условии, что практические занятия по почвоведению были в Лесном институте вообще не обязательными. А если учесть, что подавляющая масса студентов остро нуждалась и, не получая стипендий, постоянно искала себе заработков, то тем непонятнее, на первый взгляд, должно казаться это стремление тратить время на не обязательные занятия.
Что же влекло студентов так непреодолимо в лабораторию почвоведения? Прежде всего их привлекала сама симпатичная личность руководителя, а также особая постановка дела в этой лаборатории, в которой каждый студент втягивался в самостоятельную исследовательскую работу. А. Ф. Рудзкий указывал, что Костычев, в отличие от огромного большинства преподавателей высшей школы того времени, «был крайне отзывчив к научным стремлениям учащихся и мастерски руководил первыми их попытками к научному исследованию и первыми шагами на поприще практической деятельности».
Умелая постановка самостоятельных студенческих работ в лаборатории Костычева определялась не только его выдающимся педагогическим дарованием и любовью к молодежи. Студенческие исследования были важной составной частью той большой научной работы, которую вел он сам. Поэтому он был в них непосредственно заинтересован. Педагогические воззрения Костычева были передовыми, он считал необходимым углубить практические занятия, настаивал на обязательном овладении каждым студентом навыками самостоятельной исследовательской работы. Учебный процесс должен основываться на умелом сочетании теории и практики. А между тем официальными программами практическим занятиям отводилось второстепенное место Именно в этом Костычев видел причину низкой успеваемости студентов по некоторым предметам.
Осенью 1880 года Костычев был единогласно избран секретарем совета института и получил формальное право вмешиваться в ход и постановку учебных занятий. Он почти на каждом заседании ответа ставит вопрос о расширении летней практики и самостоятельных занятий студентов в лабораториях и кабинетах.
На одном из заседаний в 1881 году группа профессоров внесла предложение о введении повторительных бесед и репетиций, рассматривая это как средство повышения успеваемости студентов. Не возражая в принципе против этой меры, но и не видя в ней большого значения, Костычев указал, что «не репетиции, а практические занятая должны быть предметом особой заботливости». Но этим «практическим замятиям» он предлагал придать совсем новый характер. Он говорил на совете: