По словам директора, «объявление было напечатано мелким хорошим шрифтом и является произведением типографии».
Скоро студенчество института расплатилось за это объявление арестом нескольких студентов. В ночь с 24 на 25 марта были арестованы Костычев и его друг Малышев. 26 марта 1869 года директор института получил из полиции следующее секретное уведомление:
«По приказанию господина С-Пб. обер-полицмейстера, имею честь известить Ваше превосходительство, что лаборант Костычев и Малышев арестованы.
Пристав 2-го участка Васильевской части А. Ковалев, 25 марта 1869 г.».
Друзей увезли в Петропавловскую крепость. Это свидетельствовало о том, что дело считалось серьезным. Однако прямых улик против Костычева и Малышева не было. Шат не видел, кто вешал прокламацию, он только предполагал, что это дело рук Костычева и его друзей. Они же вели себя на допросах исключительно твердо. Их продержали несколько месяцев и выпустили «без последствий».
Впрочем, последствия были. Когда Костычев пришел в институт, ему посоветовали побыстрее сдать экзамены за третий курс, получить диплом и… оставить институт. Несмотря на все красноречие Энгельгардта, Петерсон заявил, что Костычеву казенной стипендии не дадут и для подготовки к профессорскому званию при институте его не оставят.
В довершение ко всему Костычеву предстояло перенести большое горе. Зимой 1869 года умер от туберкулеза любимый учитель и друг Костычева С. П. Карельщиков. Тяжело пережил Павел эту безвременную утрату: Сергею Петровичу было всего лишь 35 лет. Теперь близкими друзьями Костычева среди преподавателей института остались только Энгельгардт и Лачинов. Но и над ними сгущались тучи…
VIII. С МЕНДЕЛЕЕВЫМ И «ПРОТИВ» МЕНДЕЛЕЕВА
«…без подтверждения точными данными нельзя верить рассуждениям г. Менделеева, и он сам же первый, вероятно, посмеялся бы над такими легковерными людьми».
П. А. Костычев
После успешного окончания института Костычев оказался без работы. Снова приходилось перебиваться кое-как. Он пишет в «Земледельческой газете», занимается переводами сельскохозяйственных статей из немецких журналов, снова репетиторствует. Иногда ему давал платную работу Энгельгардт — это бывало в тех случаях, когда химическая лаборатория проводила очень много анализов и не могла обойтись наличными силами. Петерсон шел на уступки и зачислял Костычева лаборантом, но временно, на один-два месяца.
Молодой ученый продолжает усиленно работать над анализом русских фосфоритов, принимает также участие в химических исследованиях прудового ила и городских нечистот, которые предполагалось использовать в качестве удобрений. Он читает и реферирует в «Земледельческой газете» русскую и иностранную литературу по вопросам земледелия, физиологии растений и сельскохозяйственной химии.