Проект Бомарзунда теперь тесно увязывался с разрабатываемой Инженерным департаментом программой укрепления западных рубежей Российской империи. Наполеоновские войны доказали необходимость укрепления границ, и военные инженеры разработали проект целой системы крепостей. Историк русской фортификации В.В. Яковлев отмечает:
«Главнейшее мероприятие при обороне страны при Николае I (с 1825 г.) состояло в реорганизации западной русской границы постройкой ряда новых крепостей, которые вместе со старыми, усиленными за это же время крепостями образовали три линии. В первой линии, на Висле, были построены крепости: Новогеоргиевск (преобразованный из Модлина), Варшавская Александровская цитадель и Ивангород; во второй линии был построен Брест-Литовск и в третьей были усилены старые крепости — Киев, Бобруйск и Динабург. В этот же период родились также проекты укрепления Гродны и других пунктов».
К числу этих «другах» пунктов относился и Бомарзунд. Утвержденный проект крепости включал в себя оборонительную казематированную казарму, игравшую роль цитадели, линию артиллерийских башен (уже не бастионов, но еще не фортов) и центральную ограду полигонального начертания. Часть башен стояла непосредственно на ограде, часть располагалась отдельно и была приспособлена к круговой обороне. Несколько башен должны были располагаться по другую сторону пролива на острове Преста, Всего крепость должна была иметь на вооружении 500 орудий и гарнизон в 5000 человек. Внутри обвода укреплений должен был располагаться город, получивший название Новый Скарпанс.
Кстати, название самой крепости в документах устояться так и не успело. Ее назвали и Скарпанс, и Аланд, и Бомарзунд. Последнее название во время Крымской войны использовала пресса (как российская, так и европейская), оно в итоге и закрепилось в исторической литературе[11].
Работы на строительстве крепости шли не быстро. Причиной тому были как объективные сложности — работы велись исключительно летом, так и отношение к Бомарзунду как не самому важному объекту. Основные силы и ресурсы инженерного департамента были сосредоточены на западных рубежах империи.
Отчасти это связано и с постепенным изменением политики наиболее вероятного противника крепости — Шведского королевства. В XVII — XVIII веках Швеция имела репутацию одного из наиболее сильных в военном отношение государств севера Европы. Армия воинственных скандинавов принимала активное участие в Тридцатилетней войне, обрушивалась на несчастную Речь Посполитую (в ее истории шведское вторжение осталось как «Потоп»), настолько успешно воевала с Россией, что в русском языке даже возникла поговорка: «С богатым не судитесь, со шведом — не деритесь». В Северной войне Швеция схватилась с альянсом из пяти североевропейских государств и воевала против них 21 год! Да и в XVIII веке маленькая Швеция дважды нападала на огромную Россию. Но уже Русско-шведская война 1808—1809 годов показала, что времена воинственности для Стокгольма миновали. Новый король Карл Юхан, основатель династии Бернадотов, в полном соответствии с пожеланиями своего народа, занимал в международных делах политику, близкую к самоизоляции. Поэтому угроза занятия архипелага шведами с каждым годом расценивалась как все менее вероятная.