Первый штурм Килиноччи ланкийской армией, предпринятый с 18 по 20 октября, провалился. Положение усугубилось из-за начавшихся муссонов, сделавших местность труднопроходимой и сильно ограничивших действия правительственной авиации.
Потерпев неудачу на этом направлении, войска в ноябре сосредоточились на очищении от «тигров» районов к западу от Килиноччи. Одновременно армия возобновила наступление на полуострове Джафна, стремясь захватить Мухамалай и затем выйти к Элефант Пассу. Однако на Джафне, хотя армия и смогла продвинуться к Мухамалаю, наступление захлебнулось, а «тигры» рядом контрударов нанесли правительственным силам несколько серьезных тактических поражений (были, в частности, уничтожены два пехотных батальона).
8 декабре армия предприняла новые неудачные попытки захватить Килиноччи. ТОТИ сосредоточили в борьбе за свою столицу лучшие силы, и 20 декабря «тигры» контрударом смогли даже оттеснить правительственные войска на 2 км. Тем не менее затем руководство ТОТИ решило отвести значительную часть своих формирований из Килиноччи, чтобы сосредоточить их для обороны труднодоступных местностей севернее, на подходах к полуострову Джафна. 2 января 2009 г. правительственные силы с двух сторон вошли в Килиноччи, встретив лишь слабое сопротивление.
9 января 2009 г. армия Шри-Ланки на полуострове Джафна мощным ударом с севера прорвала линии обороны «тигров», захватила Мухамалай и заняла Элефант Пасс, при этом сепаратисты не смогли организовать там сопротивление и быстро отошли на восток к Муллайттиву — последнему контролируемому «тиграми» крупному городу. Но уже 25 января армейские части, переправившись через лагуну, овладели городом.
Последние бои
После этого под контролем ТОТИ осталась территория всего примерно в 200 кв. км на северо-восточном побережье острова и началась, по сути, агония тамильского вооруженного движения. Армия Шри-Ланки медленно, но верно сокращала удерживаемый «тиграми» плацдарм. 6 февраля была занята последняя военно-морская база «тигров» Чалай, и ВМС мятежников практически прекратили существование. Весь март велись бои за последний контролировавшийся ТОТИ город Путуккудиюруппу, окончательно взятый армией 5 апреля. После этого у «тигров» осталось не более 500 боевиков, смешавшихся со 100 тыс. тамильских беженцев в небольшой так называемой зоне безопасности. После подавления сопротивления остатков «тигров» эта зона была окончательно зачищена армией к 19 мая 2009 г. 17—18 мая в боях погибли практически все высшие военные и политические руководители ТОТИ во главе с Велупиллаи Прабхакараном.