Уже на описанном этапе экономическая целесообразность будущей транспортной магистрали заявила о себе вполне определённо. Напомним, что рельсы для Транссиба в навигацию 1893 г. доставлялись частично по Карскому морю, а затем к Красноярску, вверх по Енисею. Часть из них при разгрузке утонула и почти полвека спустя пригодилась при строительстве железной дороги от Дудинки к Норильскому горно-металлургическому комбинату уже в эпоху ГУЛАГа. Резко возросли перевозки морем на Енисей во время Русско-японской войны 1904–1905 гг., когда 22 судна доставили на Енисей и далее, через Красноярск на Транссиб, целых 12 тыс. т грузов, опоздавших, тем не менее, на фронт. Эти события заставили руководство страны пересмотреть значение своего отношения к Севморпути уже с военной точки зрения.
Разумеется, рано или поздно должны были возникнуть технические и научные средства преодоления ледовой опасности на Северном морском пути. Наиболее простым и доступным представлялось создание мощного ледокола. Не случайно при постройке на верфях Ньюкестля (Англия) в 1898 г. по проекту адмирала С.О. Макарова он, по исторической аналогии, получил имя «Ермак». Внедрение этой несомненно передовой техники происходило с трудом. Летом 1901 г. новое судно попало в вынужденный месячный дрейф у берегов Новой Земли по единственной причине — техническим средством просто не научились пользоваться. Однако этого было достаточно, чтобы недруги адмирала отправили опытовое (как говорят моряки) судно вместо Карского моря на Балтику, где первый арктический ледокол нёс свою службу более тридцати лет, прежде чем вернулся к арктическим льдам.
После поражения в войне 1904–1905 гг. другой русский моряк, лейтенант А.В. Колчак (принимавший участие в 1900–1903 гг. в Русской полярной экспедиции под начальством Э.В. Толя, по результатам которой написал солидный научный труд, изданный Академией наук), также работал над своим проектом будущего изучения полярных морей со специальных исследовательских судов — ледокольных транспортов «Таймыр» и «Вайгач», построенных на петербургских верфях. Эти корабли под его командой в 1908 г. перешли из Петербурга во Владивосток обычным путём через Суэцкий канал. К тому времени западный участок будущей трассы был сравнительно изучен и освоен, предстояло больше уделять внимания восточному концу будущей транспортной магистрали, наиболее удалённой от европейских портов. Не случайно Главное гидрографическое управление отправило на поиски фарватера в дельте Колымы поручика по Адмиралтейству Георгия Яковлевича Седова в 1909 г., успешно справившегося со своей задачей. В 1911 г. этим фарватером воспользовалось первое судно из Владивостока. Таким образом, разобщённость Северного морского пути на западный и восточной участки, обозначившаяся ещё в XVII в., сохранялась ещё долго и в ХХ в.