Вряд ли соотечественники, жившие в те страшные годы, смогут забыть их. Вряд ли смогут понять ту атмосферу сковывающего, жуткого страха поколения, которые выросли после крушения СССР. Кары обрушились на голову непокорного священника. Как он осмелился пожаловаться на действия госбезопасности? Отца Сергия отстранили от священнического служения, возбудили против него уголовное дело о клевете. К счастью, дело вскоре прекратили, но справку о регистрации, без которой ни один священник не мог служить на территории СССР, отобрали. Отец Сергий принадлежал к категории «неудобных людей». Его «обличали» за неуживчивость даже собратья-священники. Лишь два года прослужил он в Любятове. 10 января 1956 года был уволен в заштат. Потом были попытки служить в Смоленске, в кафедральном соборе (с 24 апреля 1956 по 1 января 1957 года), Веневе, Тульской епархии (с 15 мая 1957 по 8 января 1958 года), и, наконец, в Великих Луках (с 14 ноября 1958 по 9 февраля 1960 года), где произошло его столкновение в разгар «хрущевских» гонений на Церковь с властьпредержащими. После этого он единожды попытался устроиться и подал прошение во Владимирскую епархию. В марте 1960 года был назначен священником в погосте Заболотье, но прослужил лишь три месяца, после чего был запрещен в священнослужении. Неоднократно он пытался восстановить регистрацию, но все его попытки завершились неудачей. Он смирился, оформил мизерную пенсию, хотя хлопоты длились несколько лет.
В годы «хрущевских» гонений он активно выступал в защиту Церкви. Только за полгода, с октября 1958 по май 1959 года отпало от Церкви 9 человек, среди них - профессор Ленинградской Духовной Академии Александр Осипов и молодой богослов из Саратовской семинарии Евграф Дулуман. Заявил о своем отходе от Церкви и священник П. Дарманский, с которым отец Сергий учился в Ленинградской духовной семинарии. Он опубликовал в советской прессе статью «Почему я порвал с религией». Отец Сергий счел своим долгом ответить бывшему соученику. Так в Самиздате (отступники получили возможность открыто выступать со своими разоблачениями в советской прессе, тогда как верное Церкви духовенство не имело такой возможности) появилось первое его публичное выступление, обращенное к ренегату Дарманскому. Хотя оно не было подписано, подавляющее число духовенства прекрасно знало автора. В своем письме отец Сергий писал: «...Нельзя научно доказать бытие Божье. Но нельзя научно доказать и обратного. Какая свобода для нашего выбора!» Отвечая на упреки Дарманского в адрес духовенства, отец Сергий глубоко заметил: «...если мы ведем себя недостойно, то это обратным способом показывает глубочайшую жизненность и правду святыни, которая не умирает в душе народа вопреки всему нашему недостоинству. Но я лично знаю и Вы лично знаете многих священников, которых Вы незаслуженно оскорбили этим заявлением»