Основным делом своей жизни, своим особым призванием отец Сергий считал духовную поддержку «людей доброй воли», так он называл правозащитников. Подавляющее большинство советских правозащитников считали себя атеистами, хотя многие имели довольно смутное представление о христианстве. Многим отец Сергий писал в тюрьмы и лагеря, действенно помогал их близким. В воспоминаниях о нем есть одно яркое свидетельство: «После тяжелых событий в жизни Льва Друскина (один из питерских друзей отца Сергия — С. Б.), приведших к его отъезду из СССР, мы обсуждали с Сергеем Алексеевичем поведение и судьбы людей, связанных с этой историей. Все эти люди в той или иной степени подверглись давлению со стороны властей и по-разному это давление выдержали. «Все-таки это здорово», — сказал Сергей Алексеевич. «Что здорово?» — «Друзья, друзья-то какие оказались! Это прекрасно!» - «Но как же? Ведь многие испугались, перестали звонить и встречаться, испугались. Люди, которые считались преданными мужественными!» — « Ну и что же? Их можно понять. Они рисковали работой, это для них очень важно. Это жизнь! Ведь никто же не предал, не свидетельствовал против него!» — «Но один...» — «Ну, разве что один. Зато какие примеры мужества, верности! Это прекрасно!» [3]. Он оставался подлинным христианином, верным Церкви, Ее догматам и таинствам, хотя многое пытался постичь рационально, не понимал, но честно писал об этом. Отец Александр Мень, горячо любивший его, в шутку говаривал: «Ну, отец Сергий... Он же еретик, но — благочестивый еретик!» На самом деле гордился тем, что в годы брежневских, а позднее андроповских гонений в рядах правозащитников, открыто говоривших о гонениях на Церковь, находились православные священники — Сергий Желудков, Глеб Якунин, Николай Гайнов. Отец Сергий привел в Церковь многих интеллигентов, причем не столько проповедями, сколько примером жизни. Он всегда оставался бессеребренником, готовно делясь последним с тем, кто в этом нуждался. Он был активным автором Самиздата и московское духовенство всегда с интересом, хотя и с некоторым подозрением, читало его Открытые письма и труды. Многие священники укоряли его за излишние, по их мнению, симпатии к протестантизму.
Важно перечитать и задуматься над отзывом, который принадлежит покойному архиепископу, исповеднику Афанасию Сахарову, проведшему в тюрьмах и лагерях 33 года. Это был один из наиболее тяжелых периодов жизни отца Сергия. Он служил в Великих Луках Псковской епархии и на него постоянно жаловались прихожане за его, по их мнению, новшества. Правящий архиерей обратился с письмом к владыке Афанасию, признанному авторитету в области богослужения. В ответном письме от 15 марта 1960 года владыка пишет архиепископу Онисиму Фестинатову: «В 1958 году в богослужебно-календарную комиссию поступила рукопись о. Желудкова с изложением его литургико-богослужебных взглядов и пожеланий. Отзыв об этой рукописи было поручено дать Д. П. Огицкому, на то время инспектору Ставропольской духовной семинарии. Но комиссия вскоре была ликвидирована, и поэтому рукопись о. Желудкова была в моих руках очень недолго, и я лишь мельком ее просмотрел. Об о. Желудкове, обучавшемся в Ленинградской духовной семинарии, рассказывал в комиссии профессор Ленинградской духовной Академии Н. Д. Успенский, и, сколько помнится, отзыв его не был отрицательным. От Д. П. Огицкого я знаю, что у него до последнего времени поддерживается большая и серьезная переписка с о. Желудковым по литургическим вопросам и Д. П. Огицкий, как могу судить по его письмам ко мне, оценивает о. Желудкова отнюдь не отрицательно...