Став в 1874 году приходским священником в городке Груба Лгота Валашской области на востоке Моравии, Карафиат пытался возродить в своей пастве духовные идеалы. Но в 1895 году он в разочаровании оставил приходскую должность и посвятил себя свободной пастырской и проповеднической деятельности, в основном в Праге, и литературному творчеству. Среди его произведений, относящихся ещё к валашскому периоду, — «Разбор Кралицкой Библии» — чешского текста Священного Писания. Знаток латыни, греческого и иврита, он пытался исправить недостатки перевода, сделанного ещё в конце XVI века в общине Чешских братьев.[1] Исправленный текст был опубликован при поддержке Британского библейского общества в 1915 году. «Реформатский журнал», издававшийся в течение 10 лет, — ещё один плод литературной деятельности священника. В нём Карафиат публиковал собственные богословские, культурно-исторические исследования и проповеди. Журнал выходил при поддержке шотландской аристократки мисс Буханан из Охенторли в Ренфрушире.[2] Она стала прототипом Яночки — одной из главных героинь сказки.
Необходимо сказать о религиозных воззрениях писателя, ведь именно они лежали в основе его творчества. Официально Карафиат считался реформатским священником, но, хотя и принимал все основные идеи вероучения Кальвина,[3] правоверным кальвинистом не был. В проповедях он предпочитал говорить не о наказании за оскорбление Божественного величия, а о «стремлении к чистоте людской, омытой в крови Агнца». Самым важным было «духовное пробуждение», он считал его внеконфессиональной и внедогматической основой веры и полагал, что когда люди смогут его достичь, конфессии исчезнут. Высшим авторитетом для него была Библия, важнейшими добродетелями — послушание и следование во всём воле Божьей. Превозносилась Карафиатом и женская девственная чистота. Священник-писатель даровал красный ободок маргариткам, выросшим на месте смерти непорочных дев-личинок.
Когда в 1918 году чешские лютеранская и реформатская церкви объединились в Церковь чешских братьев-евангеликов, Карафиат объявил, что останется реформатом. «Я бы хотел сотрудничать с лютеранами, но таким образом, чтобы каждый оставался самим собой», — писал он. Карафиат опасался «революционности», сопровождавшей объединение, боялся, что формальное единство уничтожит единство духовное. В этой позиции чувствовалось определённое влияние его старой приятельницы и меценатки мисс Буханан — она также не приняла слияния протестантских церквей в Шотландии. Тем не менее отказ вступить в объединённую церковь не помешал Карафиату поддерживать добрые отношения со своими братьями по вере. После вскрытия его завещания в 1929 году стало ясно, что консервативный реформатский священник и благоговейный последователь идей средневековой общины Чешских братьев не только смирился с существованием новой церкви, чьи успехи оценивал весьма высоко, но и принял её как свою. Всё своё имущество он завещал синодальному совету Церкви чешских братьев-евангеликов на распространение Библии и помощь больным священникам и их семьям. Наибольшую долю в наследстве составляли доходы от нескольких переизданий «Светлячков» и авторские права на их последующую публикацию.