Прошел день голосования. Выборы показали, что КПРФ даже при столь массированном гонении на нее со стороны власти, раздираемая внутренними противоречиями, смогла набрать 12,4 % (6 666 402 голоса). 13 января 1994 года фракция была зарегистрирована в составе 45 депутатов. Илюхин возглавил Комитет Госдумы по безопасности. И сам по себе этот факт в последующем в самых неожиданных проявлениях найдет свое отражение в истории страны, в судьбах многих людей. Столь значима оказалась для Парламента России эта политическая фигура.
Первые несколько месяцев Госдума размещалась не на Охотном ряду, где шел ремонт, а на Новом Арбате, в здании Совета экономической взаимопомощи. Комитет по безопасности находился на 21-м этаже - из окон открывался великолепный вид на Москву, и лишь здание расстрелянного Верховного Совета с черными подпалинами пожарищ еще какое-то время напоминало о недавних трагических событиях. Вскоре, правда, его начали приводить в порядок, но косметическая ликвидация последствий танковой стрельбы в центре столицы - это ничто против памяти людей, на глазах у которых президент страны нарушил действующую Конституцию и совершил государственный переворот.
Но Ельцин не считал себя преступником, и, чтобы узаконить свои неправовые действия, он вместе с выборами в Госдуму организовал голосование за новую конституцию, написанную специально под него. Для ее гарантированного принятия необходимая квота голосов специальным указом президента была занижена. В результате «царь Борис» и его преемники получили небывалые единоличные права. Ну о каком развитии в стране демократии можно было говорить? А Ельцин ничтоже сумняшеся - говорил! Бесстыдство и вероломство - вот традиции, которые насаждал в коридорах власти глава государства. В таких условиях начала работать Государственная дума первого созыва.
Вспоминает Роберт Аваков, советник аппарата комитета Госдумы по безопасности в 1993-2000 годах
- Илюхин взялся за работу, словно всегда и был на этой должности. Ни дня промедления. Он хорошо знал российское законодательство, прекрасно разбирался в потенциальных угрозах государству и населению, независимо от кого бы они ни исходили. То ли из-за рубежа, то ли из-за зубчатых стен Кремля. Поэтому первым делом принялся формировать аппарат из профессионалов. Я и Леонид Больботенко перешли из прежнего Комитета по обороне и безопасности Верховного Совета. Мы были специалистами по закрытой части бюджета, из которой финансировались спецслужбы и другие силовые структуры государства. Руководить аппаратом был приглашен прокурорский работник Евгений Чуганов. Сергей Айвазян, работник МИДа, много лет проработал в США, его знания тоже потребовались с первого дня. Вот эти и многие другие люди помогали воплощать в жизнь идеи Виктора Ивановича. А они из него просто фонтанировали. Благодаря этому Комитет по безопасности был во многом в Госдуме первопроходцем. К примеру, до Илюхина никогда не проводились парламентские слушания - эту новую процедуру, которая сейчас широко распространена, ввел именно Виктор Иванович в 1994 году.