Вопрос о военной контрразведке имеет давнюю предысторию. Были времена, когда она входила в военное ведомство, как, например, в период Отечественной войны. После ее окончания боязнь Сталина потерять контроль над армией вынудила его вернуть военную контрразведку в систему госбезопасности, наделив ее функциями «надсмотрщика» за Вооруженными Силами. Августовские события, когда некоторые органы военной контрразведки оказались в первых рядах путчистов, заставили вновь вернуться к этому вопросу. Новое руководство 3-го Главного управления, которое позже возглавил Юрий Булыгин, казалось, проявляло некоторое безразличие к своей судьбе. Сначала они высказали энтузиазм по поводу перехода в Министерство обороны и даже начали готовить совместно с ним ряд соответствующих документов. Потом с неменьшим энтузиазмом Булыгин стал доказывать необходимость 3-му Главку остаться в КГБ, ссылаясь на неподготовленность перехода в организационном и психологическом отношениях.
Было еще одно соображение, которое заставляло меня не спешить расставаться с военной контрразведкой. Передача ее Министерству обороны сделала бы ее «карманной», послушной руководству министерства. Это противоречило самой идеологии создания «сдержек и противовесов», которой я руководствовался, усиливало монополизм, но только уже не КГБ, а другой силовой структуры — армии.
Но и самое главное, в чем мне пришлось убедиться с первых дней: в армейской среде из-за политической неразберихи, застарелых социальных болезней нарастала нестабильность, падала дисциплина. А какая ситуация складывалась вокруг подразделений, имеющих на вооружении ядерные боеголовки? Кто-то независимый должен был помогать министру обороны, командующим округов получить по этим вопросам объективную информацию. Взвесив все «за» и «против», вместе мы решили так. Пока армия остается единой и для того, чтобы она оставалась единой, армейская контрразведка тоже будет единой. В итоге 3-й Главк остался в моем подчинении.
Наконец, предстояло определиться с пограничниками. С самого начала я взял курс на то, чтобы они стали пограничными войсками СССР, а не погранвойсками КГБ. Такие предложения были подготовлены еще в августе.
Но если в случае со Службой охраны или Комитетом правительственной связи, которые переходили в аппарат Президента СССР, достаточно было Указа Горбачева, то выделение пограничных войск (так же, как и разведки), получавших права центральных органов государственного управления, требовало решения Государственного совета СССР и последующего утверждения Советом Республик Верховного Совета СССР. Кроме того, с отделением разведки и погранвойск фактически исчезала та структура, которая долгие годы именовалась КГБ СССР. Вопрос о ликвидации КГБ СССР также был вне рамок компетенции Президента СССР. Строго говоря, это вопрос Верховного Совета СССР, но он тоже был существенно реформирован, да и никак не мог собраться.