По косвенным уликам можно было логически увидеть в теракте ливийский след, но прокурор Шотландии лорд Фрэзер нашел мотивы конкретно обвинить в массовом убийстве двух сотрудников спецслужб Каддафи, назвав их поименно. Позже СМИ писали: «Несомненно эти мотивы Фрэзеру подсунули офицеры МИ-15, уже тогда разрабатывавшие операцию по убийству Каддафи и свержению его режима». Диктатор возмущенно отрицал свою причастность к трагедии и международный уголовный суд в Гааге не смог предъявить ему обвинение, как заказчику теракта. Каддафи упорствовал и изображал невиновность до 2003 года, пока под давлением внутренней оппозиции и во избежание международной блокады Ливии, которой добивались США своими санкциями против нее, не вынужден был объявить в стране «народный капитализм». Спасая Ливию и экономику от изоляции, он пошел на некоторое смягчение отношений с Америкой и Англией и сделал неожиданный шаг в доказательство искренности намерений: он признал, что некоторые официальные лица Ливии несут ответственность за взрыв «Боинга» над Шотландией. В ООН сразу встал вопрос о снятии всех санкций с Ливии, и их отменили, несмотря на сопротивление США, Англии и Франции. Но оставался в силе приговор Международного уголовного суда, который в 1999 году за взрыв французского пассажирского самолета над Нигером (в 1989 г.) и другие теракты заочно приговорил шестерых ливийцев с зятем Каддафи — заместителем начальника секретной службы Абдаллой Сенусси к пожизненному заключению.
Новый всплеск Каддафи фобии в Европе начался, когда в 2008 году на встрече 200 африканских королей, султанов, эмиров, шейхов и племенных вождей Каддафи за упорную многолетнюю борьбу против экспансии США и Запада и миротворческо-объединительную деятельность объявили «королем королей Африки». Со ссылками на лиц, близких к Генштабу НАТО и ЦРУ пиарные СМИ заявили, что «Теперь уж точно Каддафи мобилизует фанатиков африканских стран, причастных к терроризму и взорвет столицы Европы, на деле исполнив угрозы Бен Ладена». Страшилка подействовала, но не столь сильно и впечатляюще.
Во-первых, европейцы были смущены тем, что в 2003 году в Женеве председателем Комиссии по правам человека ООН на годичный срок была избрана представитель Ливии при ООН Нажат Аль-Хажажи. Из чего следовало, что Ливия не столь агрессивна, как ее преподносят СМИ. Во-вторых, в 2008 году правительства США и Ливии подписали соглашение о сотрудничестве в области науки и технологий. В-третьих, виновники почти всех громких терактов в Европе с 2003 года были установлены: ими были агенты Бен Ладена или террористы других арабских организаций, не подчиненных Каддафи. Оставшиеся не раскрытые три теракта в Лондоне и Италии по почерку тоже указывали на Бен Ладена, который казался европейцам страшнее Каддафи.