Реформа военно-морского флота Ришелье состояла из четырех этапов: военно-морская администрация, политика набора новобранцев, снабжение портов, лесные склады и арсеналы для кораблестроения и строительство военных кораблей. 6 января 1624 года Людовик XIII учредил Морской совет (Conseil de Marine) для рассмотрения предложений адмирала Монморанси и его подчиненных, а также для передачи важных дел на рассмотрение Королевского совета. При Ришелье основной функцией этого совета была подготовка административных распоряжений, требовавших подписи кардинала. Главным документом такого рода был устав морского флота (Reglament sur le fait de la marine) 1631 года. Он предписывал королевским судам быть сконцентрированными в портах Бруажа, Бреста и Гавра. К каждому порту приписывался генеральный комиссар (commrsaire-general), отвечавший за содержание кораблей и их команд, а также начальник эскадры (chef d’escadre), отвечавший за оборону. Каждый чиновник имел штат служащих, а все управление находилось в руках дяди кардинала, Амадора ла Порта, Генерального интенданта мореплавания и торговли. Восьми генерал-лейтенантам было поручено патрулирование берега.
Набор пополнения оказался сложным. В то время как в армию могли взять добровольцев, в военно-морской флот требовались люди с опытом службы на море. Чтобы удовлетворить эту потребность, адмирал Монморанси предложил в 1624 году завести реестр капитанов кораблей и лоцманов. Идея была поддержана Ришелье и развита в своде законов Code Michau, но так никогда и не использовалась должным образом.
Ришелье также позаботился о создании сильных опорных пунктов вдоль Атлантического и Средиземноморского побережья, каждый из которых имел крепость, лесной склад для строительства кораблей, арсенал и гавань, полностью обеспеченную такими предметами первой необходимости, как канаты, парусина и смола, и командой опытных работников, которые могли проводить ремонт. В конце концов он выбрал три порта на Атлантике — Гавр, Брест и Бруаж, — и один на Средиземном море — Тулон. Ришелье имел личные основания быть заинтересованным в Гавре, так как прадед помог основать его, а отец командовал там судном. В 1635 году кардинал оплатил строительство важных объектов, которые включали маленькую бухту, шлюз и различные укрепления. Он даже был основателем Бреста, который во время его правления приобрел несколько внушительных укреплений, большое количество складов, канатную фабрику и лесные склады для строительства кораблей. Кардинал так гордился этим портом, что называл его «мой Брест», но Бруаж, которому он уделял больше внимания и на который тратил больше денег, принес одно разочарование: он постоянно засорялся илом, и преемники Ришелье отказались от него. На Средиземном море развитие Тулона как военно-морской базы началось только в 1640 году, так что плоды этого стали видны только после смерти кардинала.