Печатная программа В. В. Болотова 1895 г., предыдущие части которой были приведены в предисловиях к II и III тому лекций, для истории богословской мысли в эпоху вселенских соборов указывает следующие подразделения.
V. История богословской мысли аа) преимущественно на востоке. — a) Завершение "богословской" стадии. 1. Первый вселенский собор. 2. Второй вселенский собор.
3. Заблуждения, возникшие под влиянием борьбы против арианства. α) Доктрина Маркелла анкирского. β) Доктрина Фотина {стр. XIII} 4. Причины возобновления иконоборчества. 5. Иконоборцы второй генерации. 6. Торжество православия. 7. Отношение запада к седьмому вселенскому собору. —бб) История богословской мысли на западе. — а) Споры „христологические“. 1. Заблуждение пресвитера Лепория. 2. Адоптиане. — b) Спор о приснодевстве Богоматери. 1. Гельвидий. 2. Боноз. — с) Споры о взаимном отношении свободы и благодати. 1. Пелагианство. — d) Спор оригенистический между Иеронимом и Руфином. — е) Споры по вопросам церковного обряда и аскетики. 1. Иовиниан. 2. Вигилянтий. — f) Спор sui generis. 1. Прискиллиан. — вв) Борьба церкви против заблуждений с дуалистическою основою. 1. Манихеи. 2. Дуалистический элемент в заблуждениях Евстафия севастийского. 3. Ипсистарии. 4. Евхиты (мессалиане). а) в IV–V веке; β) в XI веке. 5. Павликиане. 6. Афинганы. 7. Аревурды. 8. Приложение: Богомилы.
Наиболее важным отступлением от программы, допущенным при издании лекций, является перенесение аполинарианства из главы о триадологических спорах («завершение „богословской“ стадии»), где оно помещается у В. В. Болотова, как одно из заблуждений, возникших под влиянием борьбы с арианством, в главу о спорах христологических. Аполинарианство имело само по себе настолько важное значение в истории христологических споров, и затем, чрез посредство своих литературных подлогов, сопровождалось такими важными послед{стр. XIV}ствиями для дальнейшей истории этих споров, оказавшись, в отношении к термину μία φύσις, прямым родоначальником монофиситства, что естественнее всего поставить его в начале отдела, посвященного этим спорам. Кроме того, характерною для него с самого уже начала является борьба собственно не против арианства, a против антиохийской христологии (ср. об этом G. Voisin. L’Apollinarisme. Louvian — Paris 1901).
Программа намечает не только историю богословской мысли «преимущественно на востоке» (аа), но и чисто западные богословские споры (бб), и сверх того борьбу церкви против заблуждений с дуалистическою основою (вв). Издаваемый материал обнимает только восточные богословские споры — о Св. Троице, христологические и иконоборческий, и история лишь этих споров была предметом более или менее регулярно повторявшихся чтений В. В. Болотова. Но однажды, по крайней мере, часть одного из курсов, именно 1889/90 г., была посвящена им и истории западных споров. Записанный и литографированный слушателями В. В. Болотова, но без просмотра и каких-либо поправок с его стороны, курс этот оказывается, к сожалению, крайне неисправным и неудовлетворительным по изложению в настоящем его виде, так что может возникать сомнение касательно пригодности его для издания в целом. Предполагается со временем воспользоваться, насколько будет возможно, и этим материалом для дополнительного тома, где будут помещены разные очерки и отрывки из лекций, не вошедшие по тем или иным причинам в напечатанные уже томы. Что касается истории борьбы церкви с дуалистическими заблуждениями, то по этому вопросу в бумагах В. В. Болотова имеются только немногие отрывочные и краткие заметки. Можно заключить отсюда, что когда-то он останавливался в своих чтениях и на этом отделе; но связного и цельного изложения его лекций в данном случае, по-видимому, не сохранилось.