Важнейшей областью применения табака в южноамериканских обществах была медицина. Болеутоляющие и антисептические свойства табака делали его незаменимым в борьбе с недомоганиями, вроде зубной боли, когда его листья укладывали вокруг больного зуба или раны, где применяли листья и табачный сок. Табак считался эффективным средством от змеиных укусов и для отпугивания змей. Его использовали и для лечения тяжелых болезней. Чтобы понять, как он помогал избавиться от лихорадки или рака, необходимо напомнить о том, как южноамериканские индейцы воспринимали болезнь. По их поверьям, болезни вызывались сверхъестественными силами одним из двух способов: (1) одержимостью, когда вторжение злого духа или предмета в тело человека вызывало болезнь; (2) утратой души, когда душу больного похищали и она блуждала где-то в сверхъестественном мире, обычно в стране мертвых». Для того чтобы справиться с вызванными таким образом болезнями, южноамериканские знахари, или шаманы, проходили через суровые духовные испытания, наделявшие их «прозорливостью»: с ее помощью они определяли причину болезни и изгоняли злого духа или возвращали заблудшую душу, а значит — исцеляли больного.
Табак играл в духовной практике шаманов валяную роль. В определенных дозах табак — сильнейший наркотик и смертельный яд. Нередко шаманы смешивали его с другими наркотиками, доводили себя до состояния, близкого к смерти, и верили в то. что «тот, кто преодолевает смерть и исцеляет себя, способен исцелить и оживил, других».
Духовные путешествия шаманов, воспринимались как реальные приключения, чреватые жуткими опасностями. Жрец-шаман Варао, например, прошел череду опасностей, напоминающих компьютерные «страшилки». Он преодолел «пропасть, кишащую голодными ягуарами, крокодилами и акулами, готовыми сожрать его», после чего оказался в местах, где его
поджидали вооруженные копьями демоны, где он мог упасть на скользкой земле, где гигантские хищные птицы терзали его когтями. В конце концов, ему пришлось войти в дупло огромного дерева, в котором быстро открывались и закрывались двери. Все эти препятствия — порог между жизнью и смертью. Проскакивая между закрывающимися дверями, шаман видит перед собой кости тех, кто был здесь, но не сумел их преодолеть. Не обнаружив среди них своих собственных костей, шаман возвращается из иного мира для новой жизни.
Шаманы применяли табак почти во всех областях своего искусства. Табачный дым служил диагностическим инструментом при обследовании больных и использовался во многих церемониях жрецов-врачевателей. Ритуальное пускание дыма, которым шаман мог дать благословение или защиту от видимых и невидимых врагов, символизировало превращение, в котором табачный дым олицетворял животворящий дух, что напоминает о христианском таинстве, преобразующем хлеб и вино в плоть и кровь Христову. Шаманы, таким образом, были первыми сторонниками пассивного курения, оказывавшего, как они считали, благотворное воздействие на некурящих.