Тем не менее, в целом МиГ-15 получил положительную оценку, был признан пригодным для освоения летчиками средней квалификации и получил рекомендацию для принятия на вооружение с традиционным условием устранения высказанных замечаний. Постановление Совмина № 3210-153 о принятии его на вооружение вышло даже раньше, чем завершились Госиспытания – 23 августа 1948 г. Под серийное производство самолета решили отвести еще два завода: московский № 381 и новосибирский № 153. (Первый из них вскоре был объединен с 30-м авиазаводом и сегодня входит в РСК «МиГ», второй ныне носит название ОАО «НАПО им. В.П. Чкалова»). Одновременно на двух предприятиях было решено запустить в серию и Ла-174, получивший обозначение Ла-15.
Эталоном для серийного производства «МиГа» должен был стать опытный самолет С-3, который начал летать в июне 1948 г., а к 3 декабря прошел контрольные испытания в ГК НИИ ВВС на крымском аэродроме Новофедоровка (Саки). На нем все еще использовали импортный двигатель «Нин II», но в конструкцию внесли ряд изменений, соответствовавших требованиям военных, в частности, установили воздушные тормоза. Однако избавиться от недостаточной эффективности элеронов и слишком тяжелого управления, а также решить ряд других проблем пока не удалось.
Важный этап доводки самолета был проведен на серийном МиГ-15 (сер. № 101003) с двигателем РД-45Ф, который построили в Куйбышеве и передали в ОКБ-155, где ему присвоили шифр СВ. На нем микояновцы впервые установили бустер в поперечном канале, который разместили прямо в кабине летчика. Для уменьшения нагрузки на руль высоты сделали большей аэродинамическую компенсацию, увеличив его носок; вместо пушек НС-23 установили более скорострельные НР-23; внесли еще несколько десятков улучшений конструкции. Испытания самолета проходили с перерывом и растянулись с 14 июля 1949 г. до 7 января 1950 г. В целом они показали эффективность проведенных доработок. Многие из них в то или иное время внедрили в массовое производство, включая гидроусилитель элеронов, который на серийных машинах стали устанавливать в правой консоли крыла. Пушки НР-23 стали устанавливать на серийные «МиГи» уже при производстве «биса», да и то не сразу.
Однако летчики продолжали высказывать серьезные замечания в адрес МиГ-15, в частности, отмечали все еще тугое путевое управление. Кроме того, на первых серийных «пятнадцатых» проявился опасный отказ – самопроизвольное выключение двигателя во время выполнения виража на высотах более 8000 м. В ходе войсковых испытаний, проходивших весной 1949 г. в Кубинке на базе 29-го ГИАП, по этой причине произошла поломка одного самолета, летчику которого пришлось посадить машину на «брюхо» вне аэродрома. Причина крылась в недостатках топливной системы, которые удалось устранить, сначала внедрив наддув баков от компрессора двигателя, а затем установив в баке №1 насос подкачки.