Для того чтобы воплотить наработки цагистов в реальную конструкцию, микояновцам довелось решить немало проблем. В частности, требовалось обеспечить прочность и достаточную жесткость относительно тонкого, стреловидного крыла. Кроме того, традиционно стояла задача борьбы за уменьшение веса. Во время прочностных испытаний первый вариант крыла выдержал чрезмерную нагрузку, и А.И. Микоян, посчитав, что на некотором снижении прочности можно выиграть в массе, потребовал его переделки. Однако после нее крыло разрушилось, выдержав лишь 70% расчетной нагрузки. Теперь пришлось его усиливать. И все же в конечном итоге полученная конструкция была легче изначальной более, чем на 10%.
На самолете решили использовать двигатель типа «Нин». Следуя рекомендациям ЦАГИ, конструкторы отказались от реданной схемы. Весьма габаритный ТРД диаметром 1,3 м разместили внутри фюзеляжа, максимально близко к центру масс. Чтобы обеспечить быстрый доступ к нему при демонтаже и сложных формах обслуживания, предусмотрели эксплуатационный разъем, проходивший почти по середине фюзеляжа между 13-м и 14-м шпангоутами.
Среди других конструкторских решений отметим размещение вооружения, в состав которого включили мощную 37-мм пушку и две 23-мм. Намаявшись с артиллерией МиГ-9, на первоначальном варианте которого стрельба из 37-мм пушки вызвала отказы двигателей, микояновцы приложили максимум усилий, чтобы избежать подобной напасти на новом истребителе. В результате пушки разместили внизу носовой части фюзеляжа, так чтобы срезы стволов по возможности были за воздухозаборником, что минимизировало попадание пороховых газов в двигатель. Кроме того, все пушки установили на едином лафете, который в полевых условиях можно было быстро опустить для снаряжения и обслуживания вооружения.
Хотя сотрудники ОКБ трудились чуть ли не в режиме военного времени, подготовить самолет к передаче на Госиспытания в установленные сроки не удалось. В декабре 1947 г. опытное производство микояновской фирмы лишь завершило постройку первого экземпляра С-1, на который установили один из поставленных «Роллс-Ройсом» двигателей «Нин I» (сер. № 1036). 19 декабря самолет в разобранном виде перевезли на подмосковный аэродром Раменское, и под самый Новый год его подготовили к первому вылету. Несмотря на плохую погоду, 30 декабря летчик-испытатель В.Н. Юганов впервые поднял его в воздух. Уже первые полеты показали, что машина получилась многообещающей. Однако неизбежные доработки и капризы зимы привели к тому, что до конца марта 1948 г. удалось выполнить только 17 полетов.