Это не было повторением пройденного в семинарии и духовной академии, когда я, за исключением незначительных сомнений и колебаний, доверял и библии, и богословию, и преподавателям. Это уже был критический подход к источникам своих убеждений. «Верую, господи, помоги моему неверию», — примерно так молился я тогда, работая над богословской и естественнонаучной литературой. На моем письменном столе рядом с библией синодального издания появилась «Библия для верующих и неверующих» Е. Ярославского, рядом с «Догматическим богословием» — «Сущность христианства» Л. Фейербаха, вместе с творениями «святых отцов» Василия Великого и Иоанна Златоуста — «Благочестивые размышления» и «Происхождение нашего бога» И. Скворцова-Степанова, рядом лежали сборники статей К. Маркса, Ф. Энгельса, В. И. Ленина о религии и проповеди митрополита Николая, «Журнал Московской патриархии» и журнал «Наука и жизнь».
Все свободное от службы время я проводил над книгами, часто бывал в библиотеке, Центральном лектории. В ненастную погоду иногда не уезжал домой, оставаясь ночевать в церкви. И вместо того чтобы шептать молитвы и класть поклоны, как это было прежде, я до самого рассвета читал книги. Мучительные поиски истины продолжались…
Миновала осень, наступила и также миновала зима 1956 года. Я вынужден был констатировать факт бесчисленных, самых настоящих, а не «кажущихся» противоречий и бессмыслиц как в библии, так и в богословии вообще. Только тогда мне стало ясно, что не случайно в семинарии и академии больше говорят о библии, чем изучают ее. Если бы библию изучали целиком, а не отдельные, избранные места из нее, то, несомненно, каждый любознательный студент обнаружил бы в ней много противоречий и небылиц. Например, можно взять две начальные главы библейской книги «Бытие». В первой из них рассказывается, будто бог после создания животных словом своим «из ничего» сотворил мужчину и одновременно женщину; а в другом — иначе: будто сначала он сотворил из «праха земного» мужчину «и вдунул в лицо его дыхание жизни», потом сотворил животных и только после этого из выломанного у мужчины ребра была сотворена женщина.
Поскольку в библии нет ни слова о том, что и в лицо Евы бог «вдунул» душу, этот вопрос долгое время был предметом богословских споров. Многие «отцы» считали, что у женщины вовсе нет души. Только после длительных споров на Маконском церковном соборе в 585 году большинством всего в один голос духовенство решило, что у женщины тоже есть душа.
Душа, по учению церкви, имеет вид младенца. Но где она находится, когда и каким путем входит в зародыш человека — церковь ответа не дает. Спрашивается: если душа — «дыхание божие», «частица божества», то почему же она грешит? А если грешит не душа, а тело, то почему на «том свете» за его грехи будет отвечать душа и почему ее надо «спасать», если она божественного происхождения? А каково состояние «частицы божества» — души у человека умалишенного, идиота? И как должен «спасать» душу такой человек?