Библейские противоречия объясняются тем, что в первую часть библии — Ветхий завет — этот сборник узконациональных религиозных книг древних иудеев — внесены легенды и мифические рассказы, заимствованные у других древних и более культурных народов Востока: вавилонян, египтян, персов… Однако ни в одной библейской книге нет ничего такого, что выходило бы за рамки человеческого ума и мудрости. Например, легенда о «всемирном потопе» возникла первоначально среди народов, живших в местностях, подверженных большим наводнениям. У древних вавилонян, населявших нижнее течение реки Евфрат, и сложился ряд поэтических рассказов о наводнениях. Во время вавилонского плена евреи позаимствовали эти сказания у вавилонян, переделали их во «всемирный потоп» и внесли в библию. Чего не знали соседние народы, то не было известно и составителям библии. Например, в ней ни слова нет о матриархате, о таких древних странах, как Индия, Китай.
Перед судом здравого смысла и в системе богословского учения обнаружилась целая серия противоречий. В самом деле, согласно бесконечной справедливости бога, человек должен быть наказан за всякий грех, тогда как безмерное милосердие бога требует прощать всякого грешника. С одной стороны, благость бога, а с другой — страдания людей. Как согласовать любовь бога и ад для людей? Много путаницы и в вопросе об отцовстве Христа. Догматическое богословие утверждает, что Христос — сын первого лица «троицы», то есть бога-отца. Евангелие же в одном месте называет отцом его Иосифа-плотника, который внесен даже в родословную Христа, а в другом — указывает на третье лицо троицы, то есть бога-«духа святого», от которого дева Мария зачала и родила Христа. Но поскольку Мария не знала мужа, естественно, неизвестен и отец ее сына.
Не случайно Августин, «отец церкви» (V век) говорил, что если бы авторитет церкви не обязывал его, то он тоже не верил бы евангелиям.
Особенно рельефно выражены противоречия в церковном учении об «искупительной жертве Христа». Ни в чем не повинного Христа, сына своего «единородного», бог посылает на распятие, приносит его себе же в жертву. В этом случае отсутствует и справедливость и милосердие. Исходя из догмата о троичности бога (бог-отец, бог-сын и бог-«дух святой» — один бог), приходится сделать вывод, что бог себе в жертву принес самого себя.
«Что это за бог, который заставил людей убить бога, чтобы они признали бога?» — спрашивал французский философ Д. Дидро. Но и распятие Христа не спасло людей от смерти, болезней, страданий, голода, расовой вражды, ужасов войны и других бедствий.