Особенно жестокие распри возникли между Луцием Домицием, Метеллом Сципионом и Лентулом Спинтером: они никак не могли поделить между собой должность верховного понтифика, занимаемую, как известно, Цезарем. Некто Акутий Руф открыто обвинял Афрания в предательстве за неудачу в испанской кампании. Тот же Луций Домиций внес предложение организовать по окончании войны судебный процесс над теми, кто остался в Риме или вообще не пожелал примкнуть к Помпею. Для этого каждый сенатор, участник военных действий, получал бы три таблички: одна из них означала оправдание, другая — присуждение к смерти, третья — к денежному штрафу. Все хлопотали либо о почестях и наградах, либо о преследовании врагов, нередко можно было слышать разговоры о проскрипциях.
В такой обстановке и при таких настроениях не удивительно, что все только и думали о возвращении в Италию, и потому осторожность и даже некоторая медлительность действий, к чему был склонен Помпей в начале балканской кампании, теперь вызывали крайнее недовольство. Про Помпея говорили, что он намеренно затягивает войну, чтобы наслаждаться верховной властью над бывшими консулами и преторами, над союзными правителями и династиями, и то ли в насмешку, то ли из зависти его величали Агамемноном и царем царей. Во всяком случае, на Помпея оказывалось непрерывное давление. Помпею в конце концов пришлось уступить, и он склонился к сражению, на горе самому себе и тем, кто его к этому склонял.
Войско Помпея после объединения его с силами Сципиона насчитывало до 50 тысяч человек и превосходило силы Цезаря более чем в полтора раза. Особенно ощутим был перевес в коннице: на тысячу всадников Цезаря приходилось семь тысяч у Помпея, и он сам, высказываясь на военном совете накануне сражения, подчеркивал прежде всего именно это преимущество и возлагал на него большие надежды.
Цезарь охотно пошел на решительное сражение. В своих «Записках» он дает яркую картину знаменитой Фарсальской битвы (9 августа 48 г.). Войско Помпея было построено следующим образом. На левом фланге стояли те два легиона, которые были в свое время переданы ему Цезарем по решению сената. Здесь же находился и сам Помпей. Центр построения занимал Метелл Сципион с сирийскими легионами. Еще один легион, объединенный с испанскими когортами, которые удалось переправить Афранию, был размещен на правом фланге. Эти войска Помпей считал наиболее надежными. Остальные части, в том числе и добровольцев-ветеранов, он распределил по всему фронту. Семь когорт были оставлены для охраны лагеря. Так как правый фланг построения примыкал к крутым берегам речки, то вся конница, все стрелки и пращники были сосредоточены на левом фланге.