Так как отдельные отряды разгромленного войска пытались сначала спастись на окрестных холмах, а затем отойти к Лариссе, то Цезарь начал их преследование. На следующий день после Фарсальской битвы они капитулировали. Победитель и на сей раз обошелся с побежденными весьма мягко: все были помилованы. Более того, Цезарь распорядился сжечь захваченную в лагере корреспонденцию Помпея, дабы не обнаруженные до сих пор связи (и сторонники) его соперника так и остались нераскрытыми.
В тот же день Цезарь с несколькими легионами достиг Лариссы. Однако Помпея здесь уже не было: через Темпейскую долину, не зная отдыха ни днем, ни ночью, он со своими спутниками доскакал до берега моря. Ему удалось найти торговое судно, хозяин которого согласился принять его на борт вместе со спутниками.
Таков был итог балканской кампании и ее апофеоза — Фарсальской битвы. По подсчетам самого Цезаря, потери сторон в этом сражении оказались таковы: Помпей потерял убитыми около 15 тысяч, а пленными более 24 тысяч человек, причем во время бегства из лагеря на холмы погиб старый непримиримый враг Цезаря — Домиций Агенобарб. Было захвачено 180 воинских знамен и девять легионных орлов. Что же касается потерь Цезаря, то у него погибло якобы не более 200 солдат, но — и это была тяжелая утрата! — 30 заслуженных центурионов.
Итак, сражение при Фарсале завершило балканскую кампанию. До сих пор театром гражданской войны служила сначала территория Апеннинского, а затем Балканского полуострова.
Что касается дальнейшего хода военных действий, и прежде всего испанской кампании, то уже самое решение Цезаря, отказавшись от немедленного преследования Помпея, направиться в Испанию свидетельствует о том, какое значение придавал Цезарь провинциям и насколько опасным для успешного исхода всего дела он считал испанские связи Помпея. Более того, готовясь к испанскому походу, Цезарь считал необходимым укрепить и собственные позиции в ближайших к Риму провинциях.
В дальнейшем ходе испанской кампании поддержка местных общин имела не менее важное значение. Не говоря уже о наборе вспомогательных войск из провинций как помпеянцами, так и Цезарем, огромную и даже решающую роль играл вопрос о политической поддержке местных правящих кругов. Недаром легат Цезаря Фабий в самом начале кампании стремился прощупать их настроения. А когда после первых неудач похода произошел наконец явный перелом к лучшему, то сам Цезарь, перечисляя причины изменения ситуации, на одно из первых мест выдвигал факт перехода на его сторону пяти крупных испанских общин.