Богомольцу было предложено покинуть Португалию. Он понимал, что брошюра — лишь повод для такого решения, тем более что с момента ее выпуска прошло уже несколько месяцев. Как раз незадолго до этого англичане известили португальцев о том, что у них в стране действует резидент германской разведки, работающий под прикрытием немецкого туристического бюро в Лиссабоне, и власти вынуждены были пойти на его высылку из страны. Выдворением Богомольца, как тому казалось, они хотели продемонстрировать свою беспристрастность, а на самом деле просто заплатили немцам за высылку их резидента.
Англичане рекомендовали Богомольца как своего опытного работника польской разведке, памятуя о том, что у него в прошлом был большой опыт сотрудничества со 2-м отделом Генштаба и МВД Польши и он будет толковым посредником. Поляки, разумеется, хорошо знали Богомольца по его работе в Варшаве, предполагалось передать его на связь представителю польской разведки, который отбывал в Стамбул. Богомольцу ничего иного не оставалось, кроме как дать согласие. Англичане оформили ему служебную визу в Египет. Надо было заказывать билеты.
Когда Богомолец вынужден был уехать в Лиссабон, то существовало одно обстоятельство, которое при всей ма-лоприятности этого путешествия и неизвестности будущего все же его радовало. Наконец-то он ушел из поля зрения НКВД, в Португалии нет даже советской миссии и не будет, пока политический климат в стране определяет большой поклонник фюрера диктатор Салазар. Но он ошибался. О его житье-бытье в португальской столице кое-что было известао на Лубянке, так же как и о решении португальских властей выслать его из страны.
В июле 1943 года начальнику внешней разведки НКГБ Фитину доложили информацию, из которой следовало, что известный еще по довоенным делам Богомолец, находящийся в Лиссабоне, может иметь какое-то отношение к конфиденциальным контактам западных представителей с маршалом Бадольо по поводу возможных условий выхода Италии из войны. Были приняты меры к уточнению и перепроверке этих сведений через возможности разведки в европейских странах.
В начале 1944 года поступили данные о том, что в Лиссабон приезжал бывший итальянский посланник в Португалии Фраскони, который пробыл там всего двое суток, причем единственной целью визита было обсуждение вопроса о формировании нового итальянского правительства. В каком ключе и с кем конкретно он обсуждал эту проблему, пока неясно, но известно, что в прошлом он был связан и с Богомольцем, который, в свою очередь, поддерживает тесные отношения с англичанами.