Эль-Сайед Амин эль-Хуссейн родился в Иерусалиме в семье муфтия, начальное образование получил в родном городе, затем учился в египетском университете аль Асхар. Во время Первой мировой войны окончил офицерскую школу в Стамбуле и служил добровольцем в турецкой армии.
После того как англичане заняли Палестину, некоторое время был у них на службе. Однако после обнародования декларации Бальфура, которой Англия объявляла о своем намерении содействовать созданию в Палестине «еврейского национального очага», стал в оппозицию английской политике. За организацию антианглийских демонстраций арестовывался, был приговорен к тюремному заключению, после чего бежал в Трансиорданию, где создал арабскую палестинскую ассоциацию. Стал преемником отца и старшего брата в должности Великого муфтия Иерусалима, одновременно был избран председателем Высшего мусульманского совета. В 1932 году было принято решение о разделе Палестины на три части: независимые арабское и еврейское государства и подмандатную территорию, чему муфтий последовательно противился. В ответ английские власти отстранили Хуссейна от всех духовных должностей, а Мусульманский совет вообще ликвидировали. Муфтий вновь вынужден был бежать из Иерусалима в Сирию, а некоторое время спустя — в Ливан. Там его арестовали уже французские власти, правда, вскоре же отпустили. Будучи в Дамаске, муфтий выступал в печати с выпадами против политики Великобритании в палестинском вопросе и призывал к началу антибританского повстанческого движения. Англичане потребовали от французских властей его выдачи, однако те на это не пошли, опасаясь волнений.
1941 год застал муфтия в Ираке, где он принял участие в государственном перевороте, совершенном Гейлани при поддержке немцев, который и возглавил новое правительство. Во время Второй мировой войны муфтий находился в Германии; выступая в передачах Берлинского радио на арабском языке, призывал арабов к поддержке стран оси, помогал немцам как духовный пастырь формировать дивизию СС из боснийских мусульман. Считалось, что Берлин готовит его на роль фюрера арабских народов.
После капитуляции Германии муфтий переехал в Швейцарию, затем во Францию, где проживал под надзором полиции. Год спустя он без уведомления властей, а может быть, и с их молчаливого согласия, покинул Францию и отбыл в Каир.
Каковы были дальнейшие планы муфтия, тогда не было известно; шла только из разных источников информация, что, будучи за свои прошлые дела, особенно за сотрудничество с нацистами, на своеобразном крючке у англичан, он может быть использован ими в политической игре вокруг Палестины. Не случайно и в упомянутом уже сообщении каирской резидентуры об использовании английской разведкой агентуры абвера и других германских спецслужб имя муфтия упоминалось одним из первых. В Бейруте, например, где-то в ноябре 1946 года появились даже плакаты с портретом муфтия, который подавался таким образом как наставник арабов и радетель их единства. Бывала и явно противоречивая информация, особенно что касается берлинского периода жизни муфтия.