Амбиции Гиммлера, касающиеся Чехословакии, привели к тому, что в 1938 году они с Гейдрихом создали диверсионно-десантный отряд СД, который должен был следовать за германской армией, чтобы «обеспечить безопасность политической жизни и национальной экономики». Гиммлер также надеялся получить контроль над корпусом ополчения, который, как справедливо полагал Браухич, имел отношение к армии. За 4 дня до Мюнхенского договора, когда вторжение в Чехословакию казалось уже решенным делом, Гиммлер сообщил Генлейну, предводителю корпуса ополчения, что он поступает под его личное командование, а также подтянул к границе шесть батальонов охраны из отрядов «Мертвая голова» без санкции верховного командования, которое отменило его приказы Генлейну и дало инструкции о том, что солдат СС должны контролировать военные. Приказ заканчивался так: «Все дальнейшие меры должны согласовываться между верховным главнокомандующим армии и рейхсфюрером СС».
Мюнхенский договор, заключенный 30 сентября 1938 года, разрешил эту ситуацию, казавшуюся безвыходной. Гитлер, как обычно, не очень огорчился, узнав, что Гиммлер пытается расстроить планы армии; это отвечало его инстинкту самосохранения. Фактически, не далее, как 17 августа, он издал декрет о том, что особые вооруженные силы Гиммлера, будущие Ваффен СС, являются исключительно войсками партии под командованием Гиммлера и не подлежат контролю со стороны армии или полиции. 26 августа Гиммлер был среди лиц, сопровождавших Гитлера при осмотре западных укреплений. Возможно, эти знаки внимания и привели к тому, что Гиммлер превысил свои полномочия. Ожидалось, что если кампания против Чехословакии перерастет во вторжение, его роль будет заключаться в провоцировании инцидентов на границе и установлении полицейского контроля над территорией сразу после ввода в страну армии. Его планам, однако, не суждено было осуществиться. По свидетельству Чиано, тонкий наблюдатель, Гиммлер был «в отчаянии оттого, что было достигнуто соглашение, и война, казалось, предотвращена». Но Гитлер решил четко разделить командование СС и армии. К сентябрю 1939 года Гиммлер получил 18 000 человек, имеющих военную подготовку (в 1940 году эти силы были названы Ваффен СС) в дополнение к отрядам «Мертвая голова» и различным ответвлениям СС и гестапо.
Гиммлер заразился военной лихорадкой от Гитлера и объединился с Риббентропом с целью убедить фюрера любой ценой завоевать Европу. Геринг и верховное командование вели двойную игру, потакая Гитлеру спешными приготовлениями к войне, и в то же время делая все, что было в их силах, чтобы отложить начало военных действий. Что касается Геринга, то он параллельно вел переговоры и о войне, и о мире, прекрасно зная, что Германия плохо подготовлена к военным кампаниям, которые могут развернуться на Восточном и Западном фронтах. Для Гиммлера, чье военное чутье было так же незначительно, как и его знание стратегии, война была просто средством утверждения расового превосходства, и у него не было сомнений в ее исходе. Сэр Невиль Гендерсон, британский посол в Берлине, писал, что в сентябре 1938 года, так же как и в августе 1939, Риббентроп и Гиммлер были главными помощниками Гитлера в развязывании войны. По свидетельству Гендерсона, действия Гитлера часто были вызваны сфабрикованными ими ситуациями, которые, по их расчетам, могли подтолкнуть фюрера к развязыванию войны