В январе 1941 года Гиммлер сделал попытку распространить свою власть и власть Гейдриха на немецкую судебную систему. Он попросил Гитлера вместо подконтрольного им Министерства юстиции передать им управление Министерством внутренних дел Фрика, в котором министр Вильгельм Штукарт был членом СС, и Гиммлер мог на него влиять. Гитлер, который всегда реагировал очень настороженно, если кто-то просил избавить его от власти, не ответил на просьбу, и суды до конца войны остались за пределами контроля гестапо.
Однако уголовную и политическую полицию Гиммлер контролировал полностью. Каждая гау, или административная провинция Германии, имела своего высшего лидера СС, человека, дублирующего обязанности гауляйтера, но полностью несущего ответственность перед Гиммлером и Гейдрихом. С распространением правления Германии лидеров СС стали назначать в такие отдаленные места, как Осло и Афины, Варшава и Гаага. В России они были прикреплены к каждой айнзацкоманде. Эти люди возглавляли разбирательства по всем делам, которые можно было назвать уголовными или политическими, и отвечали только перед штаб-квартирой в Берлине.
Отношения Гиммлера с Гейдрихом к тому моменту стали более сложными, хотя Гейдриху, в мае 1940 г. покинувшему свой офис, чтобы летать с Люфтваффе над поверженной Францией, оставалось жить всего два года. Из этих двух лет первые 15 месяцев были потрачены на подготовку айнзацкоманд к войне против России летом 1941 и на усовершенствование системы уничтожения в лагерях, а последние девять месяцев Гейдрих провел, выполняя обязанности протектора рейха в Чехословакии, где и был убит в мае 1942 года. В этот период он явно считал себя фаворитом Гитлера, предназначенным для продвижения на министерский уровень, обойдя Гиммлера в движении к вершине иерархической лестницы. Между тем самый могущественный подчиненный Гиммлера обращался с ним как с союзником, и они в тесном контакте работали вместе над планами захвата России.
13 марта 1941 года Гитлер издал директиву, подписанную Кейтелем, касающуюся предстоящей кампании на востоке. Директива обеспокоила Верховное командование; в ней говорилось, что «в области проведения операций рейхсфюреру СС вверены фюрером задачи подготовки политического управления — задачи, проистекающую из борьбы двух оппозиционных политических систем. В пределах этих задач рейхсфюрер СС может действовать независимо и на свою ответственность». Гитлер, не вполне удовлетворенный тем, что поручил задачу искоренения коммунизма в России Гиммлеру, а Геринга, ответственного за четырехлетний экономический план, снабдил полномочиями на изъятие с оккупированных территорий провизии и других ценных для Германии продуктов, привлек к делу Альфреда Розенберга, старого интеллектуала партии, и назначил его министром будущих оккупированных территорий на Востоке. Это назначение было столь нелепо, что могло быть объяснено лишь как формальная попытка противостоять объединенной и возрастающей власти Гиммлера и Гейдриха или потенциальной жадности агентов Геринга.