В 1892 году Краснов решил поступать в Академию Генерального штаба, что требовало нешуточной подготовки. Примерно отсюда можно вести параллель генеральских судеб Деникина и Краснова; они долго не пересекались, но шли в одном направлении по близким дорогам, оставаясь такими разными. На параллельных кривых они будут мчаться целых 55 лет. Киевское юнкерское училище Антон Иванович закончил с общим баллом 10,4 как раз в 1892 г., балл не самый выдающийся, но позволял взять хорошую вакансию. Поступать в Академию позволялось по прошествии трех лет службы, которые истекли для Краснова в 1892-м, а для Деникина в 1895-м. Деникин потом вспоминал о поступлении: лихорадочный зубреж дома, ночи без сна, посещение экзаменов других отделений с целью узнать, как они проходят, что нужно экзаменаторам и какие у них «пунктики». Офицеры возвращались к мироощущениям школьника, а прошедшие войну признавались, что на экзамене им бывало страшнее, чем под пулями.
Краснов не боялся за историю, которую любил, а также за русское сочинение, уставы и военные предметы. Сменив коня на книжки, Краснов покинул казармы и переехал на квартиру матери (ул. Глинки). Чтобы не мешать ему, Феодосия Ильинична и Андрей Николаевич съехали на дачу, и Петр Краснов взялся за математику, иностранные языки и географию, выучивая билеты по 10 часов в сутки.
Краснов поступил в Академию, но из полагавшихся трех лет обучения прошел только один год и был отчислен, не выдержав переводной экзамен на следующий курс. Все же определенные теоретические знания он успел получить и обзавелся множеством знакомств. После отчисления военная карьера Краснова пошла не столь круто, как у прошедших Академию. Г. Щепкин в первой биографии атамана 1919 года выпуска писал, что Краснов ушел из оскорбленного «всесильным» Н. Н. Сухотиным самолюбия. Однако в то время, с 1889 по 1898 гг. во главе Академии стоял генерал Г. А. Леер, это Деникин успел застать при своем скандальном выпуске Сухотина во главе. Кроме того, генерал Краснов ничем не подтверждает версию Щепкина во все следующие годы, и если упоминает Сухотина, то не иначе как блестящего военного теоретика, в чьих лекциях «талант брызжет в каждой строке» [38].
За время пребывания в Академии Генштаба Деникин приходит к либеральным убеждениям и становится сторонником конституционной монархии, не видя в этом противоречия с наставлением начальника Академии до 1889 г., Михаила Драгомирова: «Я с вами говорю, как с людьми, обязанными иметь свои собственные убеждения. Вы можете поступать в какие угодно политические партии. Но прежде чем поступить, снимите мундир. Нельзя одновременно служить своему царю и его врагам».