Делая поразительные успехи в учении, юноша успевал и в благочестивой жизни. Он избегал пустых разговоров и праздных друзей, сторонился женщин и даже не смотрел на них. Чуждаясь греховных развлечений, святой Николай хранил истинное целомудрие, чистым умом созерцая Господа и усердно посещая храм Божий.
В церкви он проводил целые дни и ночи в богомысленной молитве и чтении святых книг, приобщаясь к разуму духовному, наполняясь божеcтвенной благодатью и созидая в себе достойное для нее жилище.
Храня и преумножая в душе чистоту и многие добродетели, юноша готовил себя к служению Господу. У него не было никаких привычек, свойственных молодости: по своему нраву он был подобен старцу, что вызывало уважение и удивление окружающих. Если старый человек выказывает юношеские увлечения, это дает повод для насмешек. Если же юноша ведет себя и мыслит, как старец, его почитают. В старости неуместна юность, но старость в юности прекрасна и достойна уважения. Вскоре благочестивая жизнь святого Николая стала известна всем жителям Патары. Епископом в этом городе был его дядя, тоже Николай. Видя, что племянник выделяется среди сверстников добродетелями и строгой подвижнической жизнью, дядя начал уговаривать родителей отдать сына на служение Господу. Феофан и Нонна охотно согласились, тем более что еще до рождения сына они дали такой обет. Епископ с радостью принял юношу, имеющего «седину мудрости и возраст старости, житие нескверно», и посвятил его в сан пресвитера.
При совершении над святителем Николаем таинства священства епископ, исполненный Святого Духа, пророчески предсказал народу, находившемуся в тот момент в церкви, великое будущее Божиего угодника: «Вот, братие, я вижу новое солнце, восходящее над концами земли, которое явится утешением для всех печальных. Блаженно то стадо, которое удостоится иметь такого пастыря! Хорошо он будет пасти души заблудших, питая их на пажитях благочестия; и всем, находящимся в бедах, явится теплым помощником!».
Приняв сан священника, святой Николай стал вести еще более строгую подвижническую жизнь, бодрствуя днем и ночью и пребывая в непрестанной молитве и посте. По глубокому смирению души свои духовные подвиги он совершал в уединении, избегая посторонних глаз.
В это время епископ Николай отправился в Палестину на поклонение святым местам, а управление епархией поручил племяннику-пресвитеру. Заняв место дяди, святой угодник всей душой отдался выполнению многотрудных обязанностей епископского управления и в своих заботах о делах Церкви ничуть не уступал дяде. Много добра принес он пастве, ведя широкую благотворительную деятельность. От умерших к тому времени родителей святой Николай получил в наследство имение, которое продал, а вырученные деньги раздал неимущим, ибо не обращал он внимания на скоропреходящее богатство и не заботился о его умножении.