Этот энтузиазм и страсти походили на беспокойную рябь, волновавшую поверхность глубокого темного пруда, каким был в эти дни Каир. В глубине этого омута действовали правые элементы из армии и полиции, которые убеждали народ прекратить демонстрации и разойтись по домам, мотивируя это тем, что собираться большими толпами на улицах города «опасно». Но подлинная опасность была скорее политической, нежели военной. Снова всплывал уже давно нараставший конфликт между правым и левым крылом в Египте. Существовала группа правых офицеров армии, воздушного флота и разведки, которая хотела избавиться от Насера, отказаться от идей арабской революции и коренным образом изменить внешнюю политику ОАР, чтобы прийти к соглашению с Соединенными Штатами. Это полностью противоречило позиции президента Насера, и теперь, зная, что его поддерживает народ, он не только воспользовался демонстрациями для восстановления своего авторитета, но и немедленно очистил вооруженные силы от старших офицеров, виновных в том, что 5 июня ОАР застали врасплох. Он отстранил командующего военно-воздушными силами и трех его штабных офицеров. Уволил начальника военной разведки и начальника каирской военной тюрьмы. Впоследствии их арестовали и предали суду.
Политический конфликт на этом далеко не закончился. Весь июль и август Каир жил словно в тумане — его больше волновала собственная участь и судьба его руководителей, чем угроза со стороны израильтян, расположившихся на другом берегу Суэцкого канала. Все ожидали событий и понимали, что борьба за политическое руководство продолжается и группы офицеров, в том числе многие высшие чины генерального штаба, плетут интриги против Насера. В конце августа Насер должен был отправиться в Хартум для участия в конференции лидеров арабских стран по вопросу о положении на Ближнем Востоке, и Каир был убежден, что еще до его отъезда произойдут драматические события. Каирцы не ошиблись. 26 августа были арестованы пятьдесят офицеров и заключен под домашний арест фельдмаршал Абдель Хаким Амер.
Амер был ближайшим другом и соратником президента Насера еще с того времени, когда оба они служили офицерами в армии. Именно они создали ядро организации «Свободные офицеры». Они подготовили переворот 1952 года и с тех пор совместно трудились над строительством нового Египта. Когда Насер подал в отставку с поста президента, Амер тут же отказался от должности вице-президента и заместителя главнокомандующего. Народ просил Насера вернуться на пост президента, но никто не настаивал на возвращении Амера, которого не меньше, чем других военных руководителей, считали повинным в поражении ОАР. Формально Насер, как и президент Рузвельт в годы Второй мировой войны, был главнокомандующим вооруженных сил, но фактически ими руководил Амер, который считал себя одним из руководителей революции. Когда после июньского поражения офицеры армии и воздушных сил начали подвергаться на улицах Каира оскорблениям (им даже рекомендовалось ходить в штатской одежде), Амер почувствовал, что гнев народа направлен и против него.