Спецкомитет при Совнаркоме СССР утвердил для этих лабораторий задания Техсовета. К каждой лаборатории были прикреплены члены Техсовета, задачей которых являлось наблюдение за работой немецких специалистов, а именно изучение их отчетов, заслушивание докладов руководителей групп, выезды на место для личного ознакомления и участия в испытаниях и экспериментах. На основе этого члены Техсовета делали заключение о ходе работ, после чего формировались дальнейшие планы.
19 декабря 1945 г. вышло постановление Совнаркома СССР об образовании в составе НКВД 9-го Управления специальных институтов, задачей которого являлось управление создавшимися научными подразделениями. Начальником Управления назначили А.И. Завенягина. Лаборатории «А» и «Г» передали в это Управление и переименовали их в «Институт А» и «Институт Г». Были также организованы «Институт Б», «Лаборатория В» и экспериментальный завод «для осуществления конструкций, разрабатываемых специальными институтами и лабораториями». А для снабжения, охраны и соблюдения режима секретности были созданы административно-хозяйственные подразделения.
«Институт Б» несколько раз менял свое название. Приказом №118с от 17 августа 1950 г. запрещалось при переписке и разговорах упоминать названия: «Сунгуль», «Санаторий Сунгуль», «Объект Сунгуль», «Лаборатория Б», «Институт Б», «Объект Б». Был установлен условный адрес: г. Касли Челябинской обл., п/я 0215 (для личной переписки — п/я 33/6). Коммутатор объекта получил условное наименование для связи — «Сокол».
Директором лаборатории в 1946—1952 гг. был полковник А.К. Уралец, в 1953—1955 гг. — кандидат химических наук Г.А. Середа.
В состав «Лаборатории Б» входили два научных отдела: биофизический и радиохимический, вспомогательные подразделения и подсобное хозяйство, поставляющее различную сельскохозяйственную продукцию.
Общее количество работников «Лаборатории Б» достигало 400—500 человек. В состав «Лаборатории Б» входили русские научные сотрудники (заключенные и вольнонаемные), а также немецкие специалисты, работающие по контрактам. Биофизический отдел возглавлял биолог широкого профиля Н.В. Тимофеев-Ресовский, радиохимический — химик профессор С.А. Вознесенский.
В «Лаборатории Б» работало 30—40 германских специалистов: Карл Понтер Циммер, Ганс Иохим Борн, Александр Зигфрид Кач и др. Несколько немцев до этого работало на урановом заводе № 12 в городе Электростали (Ногинске)[23]. Среди них Циммер и наиболее известный германский специалист профессор Николаус Риль. После закрытия в 1950 г. уранового производства на заводе № 12 (завод производил по 1 тонне урана в сутки) Николаусу Рилю предложили работу в «Лаборатории Б».