Лодки получили, соответственно, номера ТС-5 ÷ ТС-13, ТС-15, ТС-17, ТС-18, ТС-19, ТС-32 ÷ ТС-38. (ТС — трофейное судно). 8 марта 1947 г. подводные лодки ТС-5 ÷ ТС-12 (U-3538 - U-3545) были переименованы в Р-1 ÷ Р-8.
Пять подводных лодок (U-3538 ÷ U-3542) 15 июля 1945 г. были спущены на воду и достраивались на плаву. Затем их перевели в Ленинград для окончательной достройки. Однако ввести в строй эти лодки не удалось. Союзники нажали на советское руководство, а нашим не хватило духу их послать... к маме Уинстона Черчилля в Фултон. В результате подводные лодки Р-1, Р-2 и Р-3 в августе 1947 г. затопили в 20 милях к северо-западу от маяка Ристна в Балтийском море, а остальные лодки XXI серии с июля 1947 г. по февраль 1948 г. были исключены из списков ВМФ СССР и переданы в Отдел фондового имущества для разборки на металл.
30 июля 1944 г. советский катер МО-103 потопил в Выборгском заливе германскую подводную лодку U-250 VII серии. Осенью 1944 г. аварийно-спасательная служба Балтийского флота подняла ее и отбуксировала в Кронштадт. 12 апреля 1945 г. лодку поставили в док для ремонта и зачислили в списки Балтийского флота под названием ТС-14.
После предварительного изучения U-250 руководство Наркомата ВМФ приказало прекратить все работы по проектированию подводных лодок проекта 208, которые считались самыми перспективными средними подводными лодками нового поколения. Но вскоре выяснилось, что повреждения U-250 велики, а введение в строй подводных лодок VII серии нецелесообразно, поскольку они не идут ни в какое сравнение с подводными лодками XXI серии. Поэтому ТС-14 была 20 августа 1945 г. исключена из списков советского ВМФ и разобрана на металл.
После получения подводных лодок XXI серии в январе 1946 г. было утверждено тактико-техническое задание на средние советские подводные лодки проекта 613. Надо ли говорить, что лодки проекта 613 вели свое происхождение от лодок XXI серии, а не от советских подводных лодок предвоенных проектов. В первых послевоенных советских подводных лодках проектов 613 и 611, которые стали основой советского подводного флота до середины 60-х годов, был использован целый ряд германских новинок. Среди них было: устройство работы дизеля под водой (устройство РДП — «шнорхель»); наружные шпангоуты прочного корпуса; штампосварные концевые сферические переборки прочного корпуса; принципы размещения основных антенн гидроакустических станций и формирования обводов их обтекателей; изготовление обтекателей из нержавеющей стали; аварийное продувание балласта воздухом высокого давления без дросселирования и повседневное продувание выхлопными газами двигателей; развитая общесудовая система гидравлики и широкое применение гидроприводов; система беспузырной торпедной стрельбы; применение воздушной системы бесшумной перегонки воды между носовыми и кормовыми дифферентными цистернами; широкое применение амортизации механизмов и оборудования; химические станции регенерации воздуха.