В соответствии с этим постановлением при ГКО были созданы: Центральная комиссия по сбору трофейного вооружения и имущества под председательством Маршала Советского Союза С.М. Буденного; Центральная комиссия по сбору черных и цветных металлов в прифронтовой полосе (председатель Н.М. Шверник); Управление по сбору и использованию трофейного оружия, имущества и металлолома (в Главном управлении тыла) под начальством генерал-лейтенанта Ф.Н. Вахитова.
Аналогичные отделы в составе 8—12 человек были созданы во фронтах и общевойсковых армиях и дивизиях — отделения трофейного имущества и сбора металлолома.
В результате реорганизации трофейной службы при ГКО в апреле 1943 г. вместо двух комиссий и управления был создан Трофейный комитет во главе с Маршалом Советского Союза К.Е. Ворошиловым. Соответствующая реорганизация была проведена в оперативном и войсковом звеньях. Началось формирование новых трофейных частей. Усиливалось армейское звено за счет создания трофейных батальонов и специальных демонтажных взводов при трофейных складах. Воздушным армиям были приданы специальные технические трофейные роты, во фронтах сформированы трофейные бригады.
Большое значение для наращивания сил и средств трофейной службы имело формирование пяти железнодорожных эвакопоездов и трех отдельных эвакоподъемных отрядов для выполнения сложных подъемно-такелажных работ. Новое «Положение о трофейных органах, частях и учреждениях Красной армии» было утверждено председателем Трофейного комитета ГКО 28 апреля 1944 г. В этом положении давалась формулировка задач трофейной службы: «Трофейные органы, части и учреждения Красной армии обеспечивают сбор, охрану, учет, вывоз и сдачу трофейного вооружения, боеприпасов, боевой техники, продфуража, горючего и .других военных и народнохозяйственных ценностей, захваченных Красной армией у противника».
Положение определяло трофейные органы в Красной армии: Главное управление трофейного вооружения Красной армии при Трофейном комитете ГКО; во фронтах — Управления трофейного вооружения фронтов; в армиях — отделы трофейного вооружения армий; в войсках — соединения действующей армии — трофейные отделения корпуса, дивизии, бригады. В трофейных бригадах были свои отделы контрразведки «СМЕРШ», которые следили за тем, чтобы трофеи не разворовывались.
В июне 1945 г. на базе трофейных управлений фронтов были организованы отдельные трофейные управления. После создания системы военного управления трофейные управления были усилены и вошли в состав групп войск с подчинением командующим.