Трюгэ старался всеми силами ускорить сформирование корсиканских батальонов, назначенных в экспедицию, но Паоли располагал незначительными войсками, так что в походе в Средиземное море могли принять участие вместо трех тысяч лишь тысяча восемьсот человек и 13 орудий.
Через несколько дней после прибытия эскадры между матросами и корсиканцами начались распри, поводом к которым послужила погоня за «аристократами» (что бы это значило??), стоившая жизни двум корсиканским национальным гвардейцам. Только благодаря умению начальников вражда между обеими нациями не приняла широких размеров. Ввиду этого, однако, нечего было и думать брать с собою в экспедицию корсиканскую национальную гвардию и везти ее на судах адмирала Трюгэ. Паоли решился поэтому вместо национальной гвардии предоставить в распоряжение Трюгэ не только всю сорок вторую дивизию, но и тринадцать тысяч из двадцать шестой и пятьдесят второй. Корсиканские же добровольцы должны были предпринять неожиданное нападение на маленькие островки к северу от Сардинии; главным образом Паоли имел в виду самый крупный из них — Маддалену, занимавшую чрезвычайно благоприятное положение в Средиземном море. А по мнению некоторых моряков, значение его даже более важное, чем Мальты и Гибралтара. В январе 1793 года приготовления в Аяччо были закончены, и Трюгэ 8 января поднял якорь, чтобы направиться к Каглиари. Наибольшую часть экспедиционного корпуса должны были составлять батальоны двух юго-восточных департаментов Франции. Но с громадным трудом собрали едва четыре тысячи солдат, большею частью молодых и почти совершенно неопытных. Среди них находились два батальона, носивших многообещающее название «Марсельской фаланги». Но это к слову. Лишь в начале января было закончено формирование корпуса, и в тот же день, когда Трюгэ покидал Аяччо, транспорт флота отчалил из Вильфранш. Общее начальствование над сухопутными войсками было поручено сперва, как уже говорилось, д'Ансельму, но вследствие нескольких поражений, а также и грабежей в Ницце, его отозвали для дачи показаний в Париж, и 20 декабря его заменил генерал Брюнн. В конце концов руководство сардинским походом было поручено генералу Казабиянке.
Поход в столицу Сардинии вследствие различного рода несчастных случайностей протекал довольно неблагополучно. Не лучше обстояли дела и с походом на Маддалену, который был задуман 28 декабря Трюгэ и одобрен Паоли. В нем-то и принял участие «тот самый» Бонапарт.
Несмотря на все возражения Паоли, что у него слишком мало войска для защиты приморских городов, Трюгэ думал, что экспедиция будет чрезвычайно облегчена корсиканскими добровольцами. Паоли назначил главнокомандующим полковника Колонна ди Чезаре-Рокка. Чезаре, как его называли, неохотно принял ответственное поручение, так как считал поход на Сардинию бесцельным и преждевременным. Снабженный неограниченными полномочиями от Паоли, он отправился сначала в Сартену, где стояли четыре добровольных батальона. Оттуда он направился на Аяччо. Там находилось два батальона под предводительством Квенцы и Наполеона. Дисциплина обоих батальонов оставляла желать много лучшего, и Чезаре возлагал мало надежд на военную ценность этих отрядов. В ответ на свои настоятельные просьбы он получил разрешение взять с собою часть жандармерии из Бонифачо (не совсем понятно — он что, заградотряд собирался устроить? И как быть с упомянутым ранее решением не привлекать к десанту национальную гвардию?).