Работы по оформлению интерьера Софийского собора завершились устройством в 1695 году нового (очевидно, предыдущий обветшал) пятиярусного иконостаса по образцу иконостаса Успенского собора Троице-Сергиевой лавры резчиками того же монастыря. Все иконы были написаны вологодскими мастерами. Он был увенчан деревянными изображениями херувимов и серафимов. Но и этот иконостас не дошел до наших дней: в 1737–1741 годах был воздвигнут другой, существующий и поныне, пятиярусный иконостас. Почти не сохранилась и скульптура, некогда пышно оформлявшая собор. Она сгорала во время пожаров, ветшала и усиленно уничтожалась Синодом.
В XVI–XVIII веках раскрашенные статуи святых широко использовались в церковных службах. Естественно, что объемные, иллюзорно-раскрашенные, они должны были производить сильное впечатление на верующих. Синод усмотрел в этом пережитки языческого идолопоклонства. По его особому указу в начале XVIII века статуи стали изыматься из церквей, свозиться в Петербург и уничтожаться. Однако в Вологодском музее сохранились два первоклассных памятника деревянной скульптуры XVI века: «Георгий Победоносец» и «Параскева Пятница». Первоначально они были заключены в специальные киоты, представляя собой объемные иконы, возможно, украшавшие Софийский собор.
Георгий-воин издавна почитался на Севере. В XIV–XVI веках изображение Георгия становится одним из самых распространенных в русской пластике и даже используется в московском гербе. Вологодский резчик сумел создать выразительный образ героя-воина, восседающего на вздыбленном коне (илл. 9). Он великолепно передал напряженное движение, красивый силуэт, гармонически объединив фигуру всадника и коня. Весьма любопытна и раскраска скульптуры: серые доспехи всадника и голубой конь. Голубой цвет коня — не прихоть и не фантазия художника. Древняя Русь отлично знала лошадей голубой масти. В берестяной новгородской грамоте XIII века, в духовной грамоте 1503 года князя Рузского Ивана Борисовича и других документах неоднократно упоминаются голубые кони.
В образе Параскевы Пятницы, святой, покровительницы торговли, мастер воплотил черты русской женщины с благородно-красивым овалом лица и ласково-задумчивым взглядом (илл. 8).
Интересной коллекцией скульптуры Вологодского музея является также собрание деревянных, раскрашенных фигур типа «Христос в темнице» XVIII века, представляющих сидящего в задумчивой позе человека (илл. 7). Сутулый, широкоплечий, с огромными ступнями вывороченных ног, таких же, как и у ангелов в композиции «Страшный суд» в Софийском соборе, Христос сидит, подперши правою рукою голову, левую руку согнув и опустив на колено. На груди, руках, ногах пятна крови, падающей из-под тернового венца с шипами. Христос поражает безысходной печалью, которая видна и в его лице, чувствуется и в постановке головы, тяжело ушедшей в плечи, и в его позе.