Первое каменное сооружение Архиерейского дома — палаты Казенного приказа — возведено в 1659 году (илл. 13). Это двухэтажное здание с мезонином расположено рядом с колокольней, внутри ограды, справа от нынешнего входа. В нижнем, подклетном этаже палат прежде находились ледники и погреба, в верхнем, основном, — два больших разделенных сенями помещения, занятые «кельей казенной приказной» и «кельей казначейской». В мезонине хранились казна, ценности и важные документы.
В основе композиции здания лежит простейшая схема, типичная для народного деревянного зодчества, — две объединенные сенями палаты. Влияние деревянных построек чувствуется и в его объемном построении. Оригинальной формы мезонин, не встречающийся в палатных сооружениях древней Руси, явно навеян завершавшими хоромы традиционными вышками-повалушами. Живописность зданию придавало также существовавшее прежде в центре фасада крыльцо «на два схода», крытое «бочкой с чешуей», которое вело прямо на второй этаж. Слишком большая толщина стен нижнего этажа (до 1,75 м) даже вызывает предположение о более раннем возникновении этой части памятника (в начале XVII в.). В целом же архитектура Казенного приказа проста и строга; в ней нет еще того пышного узорочья, которое процветает в эти годы в Москве и лишь позднее появится на Севере. Широкие гладкие лопатки по углам объема, простые поэтажные карнизы и легкие стрельчатые обрамления дверных проемов глухого нижнего яруса в виде валика составляют основное украшение фасадов. Окна второго этажа, словно врезанные в толщу массивной стены, вообще лишены наличников.
Выразительны интерьеры палат Казенного приказа с хорошо сохранившимися сомкнутыми сводами и эффектными распалубками над оконными и дверными проемами. Казенная палата предназначалась и для торжественных приемов, о чем говорит очень декоративная орнаментальная роспись стен (фрагменты ее открыты при реставрации 1956 г.). Цветочные мотивы в виде характерных для народного искусства «вазонов с цветами» и вьющихся стеблей свидетельствуют о свободном, кистевом рисунке, выполненном с маху, от руки, без предварительного разграфления. На северной стене изображены два смело изогнутых стебля с розовыми, сине-зелеными и красноватыми цветами и длинными зелеными листьями (илл. 14). Эта уверенная манера, смелая красочность чувствуются и в других деталях росписи, особенно в стилизованных цветочных побегах, заключенных в своеобразные сердечники (на восточной стене), и в частично сохранившемся букете.
О прочем оформлении интерьеров «казенных келий» можно судить на основании описи 1663 года. В ней подробно перечисляются иконы и описываются детали внутреннего убранства. «