Исключительно своеобразен интерьер церкви, имеющий необычную, двухстолпную конструкцию, внешне никак не выявленную и даже скрытую за привычными для XVII века формами. Два мощных столба поставлены в центре обоих этажей здания. Внизу, в подклете, они поддерживают простые коробовые своды, вверху, в основном помещении, служат опорой более сложной системы перекрытия. С каждого столба здесь на западную и восточную стены перекинуты две большие арки и на боковые — одна меньшего пролета. Они несут три продольно направленных коробовых свода, прорезанных пятью барабанами на парусах: в центре — главным и по углам — малыми, которые опираются не только на своды, но также и на угловые части стен. Эта исключительно смело разработанная конструкция свидетельствует о создании русскими зодчими новых пространственных форм сводчатых церковных сооружений благодаря успешному решению сложной инженерно-технической проблемы сокращения внутренних опор. Двухстолпие сравнительно редко встречается в древнерусском культовом зодчестве, составляя совершенно особый архитектурный тип среди храмовых зданий XVI–XVII веков, распространенный преимущественно на северо-востоке Руси, в том числе и в Вологде. В 1793 году интерьер Никольского храма получил пышную барочную отделку, сохранившуюся частично и сейчас.
В южной части Заречной стороны в XVI–XVII веках располагалось дворцовое село Фрязиново. Здесь селились иностранцы, в основном приезжие купцы из разных стран, именовавшиеся в древней Руси «фрязинами». Около 1670 года (по другим источникам — в 1687 г.) во Фрязинове, на берегу реки была возведена Спасо-Преображенская (иногда называемая также Андрея Первозванного) церковь (Набережная VI армии, 205), существующая и по сей день (илл. 44). Внешне она выглядит очень эффектно и выразительно, хотя по композиции традиционна для храмов Вологды XVII-начала XVIII веков: кубический, первоначально пятиглавый объем с пониженным прямоугольным алтарем и папертью. Подклет, в котором располагается придел Андрея Первозванного, с выдвинутой восточной частью в виде двух апсид также типичен для многих памятников Вологды. Наружное убранство здания сильно изменено, но, судя по отдельным сохранившимся фрагментам (столбы паперти, завершающий куб карниз и редко расставленные кокошники), было довольно эффектным. От пятиглавия остался лишь центральный барабан с главой.
Примыкающая с запада к паперти церкви колокольня, безусловно, одна из лучших в Вологде. Нижний ярус ее трактован как обычное крыльцо с открытыми арками (позднее заложены и укреплены контрфорсами) на столбах- кубышках, с висячей гирькой. Он несет стройный восьмигранный столп со звоном вверху, увенчанный нарядным шатром с двумя рядами слухов и миниатюрной главкой. Прежде, до перестроек нижнего яруса и открытой лестницы, ведущей от крыльца на паперть, ко входу в храм, колокольня, вся сквозная и ажурная, отличалась удивительной легкостью.