В начале XVII века, в эпоху «Смутного времени», монастырь претерпел много бедствий, неоднократно подвергаясь нападениям и грабежам со стороны интервентов и прочих «воровских» людей. Но, несмотря на тяжелые годы, он быстро оправился. В середине XVII века здесь вновь развернулось каменное строительство. Мощная каменная ограда с башнями надежно обезопасила монастырь от вражеских набегов. Сооружаются новая колокольня, а также различные жилые и хозяйственные постройки.
Все последующее строительство на территории обители в XVIII–XIX веках было незначительным и ограничивалось лишь отдельными переделками и ремонтами.
В архитектуре русских монастырей XVI–XVII веков есть особая поэтичность. Нередко они настолько сливаются с природой, что трудно даже представить себе то или иное место без этих сооружений, так они неотделимы от окружающего пейзажа. Очертаниями стен они вторят рельефу, как бы вырастая из земли-матери, и лишь только мощные, мужественные и величавые башни, возвышаясь над округой, как бы противостоят природе, ее естественным формам, как порождения человеческих рук. Таков и Спасо- Прилуцкий, один из красивейших и своеобразнейших монастырей Севера.
Уже издали отчетливо виден могучий пояс каменных стен с башнями, окружающий монастырь. О времени его сооружения сообщает надпись на каменной доске, украшающей снаружи Святые ворота: «Лета 7164 (1656), Августа в 1 день сделан сей град около Прилуцкого монастыря… монастырскою казною». Начало возведения стен относится к рубежу 1640-1650-х годов, ибо в 1654 году, согласно описи, оно уже шло полным ходом.
Новые каменные стены превратили Спасо-Прилуцкий монастырь в сильную крепость. Это строительство — важный этап военнооборонительных работ, которые развернулись на Руси в середине XVII века. В плане ограда образует неправильный четырехугольник общей протяженностью около 950 м с башнями по углам и в середине западной стороны. Толщина стен превышает 2 м, высота колеблется в зависимости от их оборонного значения, достигая на южной и восточной сторонах, обращенных к дороге и не имеющих естественных препятствий, 7 м. Устройство стен характерно для крепостного строительства XVII века. С наружной стороны они имели три яруса бойниц, форма которых была различна: арочные — в подошвенном бою; тонкие, длинные — в среднем; косые и узкие, со ступенчатым завершением — в верхнем ярусе. Венчание стен по древней традиции было сплошным, не расчлененным на отдельные зубцы.
Мощные и суровые башни на северном, южном и восточном углах ограды сильно выступают за линию стен, тем самым увеличивая сектор обстрела. Высокие, 16-гранные, они имели несколько ярусов бойниц и завершены машикулями с различными зубцами (илл 46). Прежде башни венчали деревянные шатры со смотровыми вышками (современные фигурные шатры XVIII века). Интересна внутренняя конструкция этих башен с мощным круглым столбом в центре. Проходя через все яруса, столб являлся опорой для балок настила перекрытий и для шатра. Своеобразные ниши в столбе — «каменные мешки» — служили для хранения пороха и прочих боеприпасов. Особенно монументальны две башни — южная (илл. 47) и восточная, выделяющиеся своими большими размерами и декоративной обработкой зубцов.